Het voetbalseizoen 2016/17 van de Derde Divisie was het zevende seizoen van deze competitie en het eerste seizoen onder deze naam. De competitie was dit seizoen het vierde niveau in het Nederlandse voetbal en de hoogste competitie met een parallelle afdeling in het zaterdag- en zondagvoetbal. Van seizoen 2010/11 tot en met seizoen 2015/16 was deze competitie het derde niveau onder de naam Topklasse. Aan de competitie namen 36 teams deel, 18 in de zondagafdeling en 18 in de zaterdagafdeling.
De nummers acht tot en met veertien van de Topklasse voetbal 2015/16 bleven in deze hernoemde divisie. Hierbij kwamen per afdeling de drie kampioenen van de Hoofdklassen en drie teams van de opgeheven beloftencompetitie. De vijf resterende plaatsen werden via promotie/degradatiewedstrijden tussen de nummers vijftien van de Topklassen en de negen periodekampioenen van de Hoofdklassen ingevuld.[1]
Promotie en degradatieregeling
De kampioenen van beide Derde Divisies promoveren, terwijl de twee laagst geklasseerde clubs van de Tweede Divisie degraderen naar een van de Derde Divisies. De zes (vervangende) periodekampioenen van de Derde Divisie en de nummers 15 en 16 van de Tweede Divisie spelen om twee plaatsen in de Tweede Divisie.
* Jong Almere City FC kreeg een punt in mindering wegens één dispensatiespeler te veel op te stellen in de uitwedstrijd tegen FC Rijnvogels (4-2) op 3 september 2016.
** Harkemase Boys en ODIN '59 hebben één punt aftrek gekregen wegens het niet voldoen van de licentie-eisen.[2]
In januari en februari 2017 werden diverse wedstrijden afgelast wegens winterse omstandigheden. Deze wedstrijden werden later in februari, maart en april 2017 ingehaald.
* Hebben één punt aftrek gekregen wegens het niet voldoen van de licentie-eisen.[2] ** Jong Achilles '29 kreeg een punt in mindering wegens één dispensatiespeler te veel op te stellen in de uitwedstrijd tegen Quick '20 (5-1) *** Magreb '90 kreeg drie extra punten aftrek wegens het op dat moment nog steeds niet kunnen voldoen aan de door de KNVB gestelde eisen.[3]
Wedstrijd tussen Jong Achilles '29 en Jong De Graafschap werd op zaterdag 26 november tijdens de rust (1-1) gestaakt wegens mist. De wedstrijd werd op woensdag 14 december 2016 uitgespeeld.
Door winterse omstandigheden werden in januari en februari 2017 diverse wedstrijden afgelast. Deze werden geleidelijk in weken erna weer ingehaald.