In 2016 werd de zeventiende editie van de Copa Paulista de Futebol gespeeld voor voetbalclubs uit de Braziliaanse staat São Paulo, die niet aantraden in de nationale competities. De competitie werd georganiseerd door de FPF en werd gespeeld van 2 juli tot 27 november. XV de Piracicaba werd kampioen.
De winnaar kreeg het recht te kiezen om in 2017 deel te nemen aan de Copa do Brasil of de Série D, de vicekampioen nam dan aan de andere competitie deel.
Format
Er namen 27 teams deel. Acht clubs uit de Série A1, elf uit de Série A2 en acht uit de Série A3. Indien een club verzaakte om deel te nemen nam de volgende club in de rangschikking deel. In de eerste fase werden de clubs verdeeld over vier groepen, waarvan de top vier zich plaatste voor de tweede fase. In de tweede fase werden de zestien clubs verdeeld over vier groepen van vier, waarvan de eerste twee zich telkens plaatsen voor de derde fase. Deze fase werd in bekervorm gespeeld met heen- en terugwedstrijden.