Community Cyberinfrastructure for Advanced Microbial Ecology Research and Analysis

CAMERA

内容
説明	Community Cyberinfrastructure for Advanced Microbial Ecology Research and Analysis
コンタクト
研究拠点	カリフォルニア大学サンディエゴ校
研究所	生物システム研究センター Calit2（英語版）
主要引用	PMID 21045053
公開日	2007年 (2007)
アクセス
ウェブサイト	camera.calit2.net
ツール
その他

Community Cyberinfrastructure for Advanced Microbial Ecology Research and Analysis（略称：CAMERA）とはメタゲノミクスデータ解析のためにホストされたソフトウェアツールとハイパフォーマンスコンピューティング基盤を提供するオンラインクラウドコンピューティングサービスである[1][2][3]。このプロジェクトは2006年1月にCalit2（英語版）のフラッグシッププロジェクトとして発表された[4]。

役割

このプロジェクトはクラスタコンピューティングや動作させるためのハイパフォーマンスコンピューティング基盤を提供することにより最適化されたカスタムバイオインフォマティクスツールセットを開発している一般の研究コミュニティの独立メンバーが生成した蓄積されているメタゲノムデータの大規模リポジトリでゲノム研究を加速させるのが目的である[5][6]。

CAMERAはまた科学者がヴェンター研究所（英語版）のグローバル・オーシャン・サンプリング・エクスペディションにあるデータにアクセスし仕事に使うことを支援している[7]。2007年、GOSのデータセットがこれまで最大規模のパブリックドメインとして公開された[8]。また、公式サイトに他の多くのデータセットがダウンロードできる[9]。

ゴードン・アンド・ベティ・ムーア財団がこのプロジェクトに2006年1月から7年で2450万ドルの研究助成金を出資している[10]。

歴史

設立時、CAMERAの役割は海洋微生物のゲノム研究に主眼を置いていた。後に役割を拡大し地球生態学を含めることにし、当初のプロジェクト名だった「Community Cyberinfrastructure for Advanced Marine Microbial Ecology Research and Analysis」から海洋を意味する「Marine」を省いた。

人物

CAMERAの首脳陣は以下の通り:[11]

• 主任研究員 ラリー・スマール（英語版） (UCSD)
• 常務取締役 ポール・ギルナ (UCSD)

関連項目

• バイオインフォマティクス
• メタゲノミクス
• 微生物生態学

脚注

1. Sun, Shulei; Chen Jing, Li Weizhong, Altintas Ilkay, Lin Abel, Peltier Steve, Stocks Karen, Allen Eric E, Ellisman Mark, Grethe Jeffrey, Wooley John (Jan 2011). “Community cyberinfrastructure for Advanced Microbial Ecology Research and Analysis: the CAMERA resource” (英語). Nucleic Acids Res. (England) 39 (Database issue): D546-51. doi:10.1093/nar/gkq1102. PMC 3013694. PMID 21045053. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3013694/. 
2. PubMed Central: "CAMERA: A Community Resource for Metagenomics"
3. DOE Microbial Genomics: Microbial Genome Databases
4. Gordon and Betty Moore Foundation: Leading Department of Energy Genome Scientist to Direct Joint Marine Microbial Metagenomics Cyberinfrastructure Initiative (press release)
5. CAMERA: What is CAMERA?
6. CAMERA: Reference Datasets
7. Anchorage Daily News: Scientist stalks wily microbes from sailboat
8. Science Daily: Millions Of New Genes, Thousands Of New Protein Families Found In Ocean Sampling Expedition (press release)
9. CAMERA: Full Datasets
10. CAMERA: What is CAMERA?
11. About CAMERA: People

外部リンク

• 公式ウェブサイト
• UCSD: UCSD Partners with Venter Institute to Build Community Cyberinfrastructure for Advanced Marine Microbial Ecology Research and Analysis