リオデジャネイロ連邦大学は、1920年にリオデジャネイロ大学 (Universidade do Rio de Janeiro) として設立された後、1937年にブラジル大学 (Universidade do Brasil) と改称し、さらに1965年に現在の名称となった[1]。
大学設立当時、リオデジャネイロはブラジルの首都であったため、教育における国家戦略のひとつとして、それまでリオデジャネイロ州内にあったいくつかの教育機関を合併改組して近代的大学組織とした。
母体となった教育機関としては、1792年創立の高等工業学校 (Escola Politécnica)、1800年創立の国立芸術学校 (Escola Nacional de Belas Artes)、1808年創立の医学校 (Faculdade de Medicina) などがある。