しかし原生粘菌は、当初から変形菌やタマホコリカビ類の祖先的な生物群として考えられており、単系統群であると考えられていたわけではない (一部の原生粘菌は変形菌などにより近縁であると考えられていた)[13]。アメーバ細胞の形態や微細構造学的特徴から、原生粘菌はいくつかの系統群に分けられると考えられていたが、そのうちツノホコリ属は、Protosporangium や Clastostelium とともに系統群を構成していると考えられ、この系統群は Group Va とよばれていた[13][14]。形態形質からは、原生粘菌の中で Group Va が変形菌に最も近縁であることが示唆されていた[13]。
子実体はふつう高さ 1–2 mm ほどであるが、10 mm に達することもある[20]。まばらに分枝するものが最もふつうであるが、円柱状で分枝しないエダナシツノホコリ (var. descendensEmoto, 1933)、円柱の先端が放射状に分枝したカンボクツノホコリ (var. arbuscula(Berkeley & Broome) Nannenga-Bremekamp, 1975)、樹状に細かく分枝したナミウチツノホコリ (var. flexuosa(Lister) G. Lister, 1911)、ハチの巣状のタマツノホコリ (var. porioides(Albertini & Schweinitz) G. Lister, 1911) などの変種がある[2][20]。ふつう白色であるが、黄色や桃色、青色のものもいる。胞子は透明、楕円形〜亜球形、5–9 x 8–14 µm。胞子の柄は長さ 7–20 µm[20]。世界的な広域分布種である。
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