1849: Diotima. Die Idee des Schönen - philosophische Briefe. Pforzheim.
1851: De Parmenide Platonico. Stuttgart (Dissertation von 1847).
ab 1852: Geschichte der neueren Philosophie. 8 Bände. Heidelberg (div. Neuaufl. bis 1893, Jubiläumsausgabe 10 in 11 Bänden, darin Bd. 3 u. 4 Kant-Monographie).
1852: System der Logik und Metaphysik. Stuttgart 3. Aufl. Heidelberg 1909.
1854: Das Interdict meiner Vorlesungen und die Anklage des Herrn Schenkel, Direktor des Heidelberger Prediger-Seminars, in der Darmstädtischen Kirchen-Zeitung. Mannheim (Rechtfertigungsschrift nach dem Entzug der venia legendi).
1855: G. W. Leibniz und seine Schule. Mannheim.
1858: Schiller als Philosoph. Vortrag gehalten in der Rose zu Jena am 10. März 1858.
1860: Kant’s Leben und die Grundlagen seiner Lehre. 3 Vorträge. Mannheim.
1862: Akademische Reden. Stuttgart (Darin: Johann Gottlieb Fichte - Rede zur akad. Fichte-Feier den 19. Mai 1862 in Gegenwart Sr. königl. Hoheit des Großherzogs von Sachsen gehalten in der Collegienkirche zu Jena. Die beiden kantischen Schulen in Jena - Rede zum Antritt des Prorektorats, den 1. Feb. 1862).
1863: René Descartes' Hauptschriften zur Grundlegung seiner Philosophie. Mannheim.
1864: Lessings Nathan der Weise. Die Idee und die Charaktere der Dichtung. Stuttgart.
1865: Baruch Spinoza's Leben und Character. Ein Vortrag. Mannheim.
1868: Über das academische Studium und seine Aufgabe. Rede zum Antritte des Prorectorats und zur Preisverkündigung den 1. August 1868. Heidelberg.
1869: Carl Wilhelm Göttling. Eine Charakterzeichnung als Vorwort zu seinem letzten Werke. Jena
1870: Anti-Trendelenburg. Eine Duplik. Jena.
1871: Ueber die Entstehung und die Entwicklungsformen des Witzes. Zwei Vorträge, gehalten in der Rose zu Jena im Februar 1871. Heidelberg.
1875: Ueber das Problem der menschlichen Freiheit. Rede zum Geburtsfeste des höchstseligen Grossherzogs Karl Friedrich von Baden und zur akademischen Preisvertheilung am 22. November 1875. Heidelberg.
1877: Goethe’s Faust. Ueber die Entstehung und Composition des Gedichts. Berlin.
1878: Descartes und seine Schule. München (Div. Aufl. u. Erg. bis 1880).
1881: Lessing als Reformator der deutschen Literatur. Stuttgart.
1884: Das Streber- und Gründerthum in der Literatur. Vade mecum für Herrn Pastor Krause in Hamburg. Stuttgart.
1886: Festrede zur 500jährigen Jubelfeier der Ruprecht-Karls-Universität zu Heidelberg : gehalten den 4. August 1886. Heidelberg.
1889: Shakespeare’s Charakterentwicklung Richards III. Heidelberg, 2. Aufl.
1890: Über G. E. Lessing. Theil 3. Lessings Emilia Galotti.
1896: Das Verhältnis zwischen Willen und Verstand im Menschen. In Gegenwart der höchsten Herrschaft geh. im Residenzschlosse zu Karlsruhe am 28.März 1896. Heidelberg.
1897: Descartes’ Leben, Werke und Lehre. Heidelberg, 4. neu bearb. Aufl.
1897: Der Philosoph des Pessimismus. Ein Charakterproblem. Heidelberg.
1899: Goethe und Heidelberg. Festrede zur städtischen Goethefeier aus Anlaß des 150. Geburtstages Goethes ... gehalten ... am 29. October 1899. Heidelberg.
1901: Hegels Leben, Werke und Lehre. Heidelberg (Bd. 8 der überarb. Geschichte der neueren Philosophie).
Logik und Metaphysik oder Wissenschaftslehre, Herausgegeben und eingeleitet von Hans-Georg Gadamer. Manutius-Verlag, Heidelberg 1998, ISBN 3-925678-69-7.
Jürgen W. Schmidt: Zum akademischen Werdegang des schlesischen Philosophen Kuno Fischer (1824–1907): Die Vorgeschichte seiner Berufung nach Jena 1853–1856. In: Fachprosaforschung - Grenzüberschreitungen Bd.4/5 (2008/2009) Baden-Baden 2010 S. 433–449
Eberhard G. Schulz: Fischer, Kuno. In: Ostdeutsche Gedenktage 2007. Persönlichkeiten und historische Ereignisse. Kulturstiftung der deutschen Vertriebenen, Bonn 2007, ISBN 978-3-88557-224-4, S. 173–178.
Dagmar Drüll: Heidelberger Gelehrtenlexikon 1803-1932. ( Hrsg.): Rektorat der Ruprecht-Karls-Universität-Heidelberg. Springer Berlin Heidelberg Tokio. 2012. 324 S. ISBN 978-3642707612