La sua ricerca si concentra sul Buddhismo (in particolare Zen), sulla storia dell'orientalismo, sulla storia della scoperta europea delle religioni e filosofie dell'Asia (ad esempio, il caso di Schopenhauer) e sullo scambio di idee tra Asia e Occidente.
Libri
Zen Meister Yunmen. Leben und Lehre des letzten Giganten der Zen-Klassik. Wil: UniversityMedia, 2018 (ISBN 978-3-906000-29-9)
Zen Master Yunmen. His Life and Essential Sayings. Boulder: Shambhala, 2018 (ISBN 978-1-61180-559-8)
Michel-Jean-François Ozeray and Urs App.The First Western Book on Buddhism and Buddha. Wil: UniversityMedia, 2017 (ISBN 978-3-906000-27-5)
Schopenhauer's Compass. An Introduction to Schopenhauer's Philosophy and its Origins. Wil: UniversityMedia, 2014 (ISBN 978-3-906000-03-9)
The Cult of Emptiness. The Western Discovery of Buddhist Thought and the Invention of Oriental Philosophy. Rorschach / Kyoto: UniversityMedia, 2012 (ISBN 978-3-906000-09-1) (migliori libri buddisti dell'anno 2012, Rivista Buddhadharma[9])
Richard Wagner and Buddhism. Rorschach / Kyoto: UniversityMedia, 2011 (ISBN 978-3-906000-00-8)
The Birth of Orientalism. Philadelphia: University of Pennsylvania Press, 2010 (ISBN 978-0-8122-4261-4)[10] (Premio 2012 dell'Académie des Inscriptions et Belles-Lettres, Parigi)[11]
20 Volumi di concordanze di testi cinesi del Buddismo Zen.[12]
Richard Wagner und der Buddhismus: Liebe – Tragik. Zürich: Museum Rietberg, 1997. Nuova edizione: Rorschach / Kyoto: UniversityMedia, 2011 (ISBN 978-3-906000-10-7)
Zen-Worte vom Wolkentor-Berg. Darlegungen und Gespräche des Zen-Meisters Yunmen Wenyan (864–949). Bern / München: Barth, 1994 (ISBN 3-502-64640-6)
Master Yunmen. New York: Kodansha International, 1994. (ISBN 1-56836-004-5).
Slow Photography: Koichiro Kurita. Documentario proiettato nella mostra del fotografo giapponese Koichiro Kurita al Farnsworth Art Museum, Rockland ME, USA (2018).
Sengai. Documentario proiettato nella mostra sul pittore Zen giapponese Sengai al Museo Rietberg di Zurigo (2014).[13]
Der Teebesen. Documentario proiettato nelle mostre sul bambù presso il Museo etnologico dell' Università di Zurigo (2003), il Museo etnologico di Monaco (Völkerkundemuseum München, 2006)[14] e la mostra Trinkkultur - Kultgetränk al Völkerkundemuseum dell'università di Zurigo[15] (in collaborazione con Monica Esposito).[16]
Vers la forêt de pins de Tōhaku.[17] Documentario per l'esposizione delle opere d'arte di Hasegawa Tōhaku (2002) al Museo Rietberg[18], Zurigo (in collaborazione con Monica Esposito)
Dangki. Documentario diffuso nel 2001 su France 2 (in collaborazione con Monica Esposito).
Oracoli in Cina. Documentario proiettato nella mostra Oracoli (2000) al Museo Rietberg, Zurigo (in collaborazione con Monica Esposito).
Oracoli in Giappone. Documentario proiettato nella mostra Oracoli (2000) al Museo Rietberg, Zurigo(in collaborazione con Monica Esposito).
Bambini d'oracolo. Documentario proiettato nella mostra Oracoli (2000) al Museo Rietberg, Zurigo (in collaborazione con Monica Esposito).
Testi elettronici
ZenBase CD1.[19] Kyoto: International Research Institute for Zen Buddhism, 1995 (ISBN 4-938796-18-X;[20] prima collezione mondiale di più di ottanta testi digitali del Zen cinese).[21]
Selezione di articoli
" Schopenhauers Nirwana" (PDF) (archiviato dall'url originale il 3 marzo 2016).. In: Die Wahrheit ist nackt am schönsten. Arthur Schopenhauers philosophische Provokation, ed. by Michael Fleiter. Frankfurt: Institut für Stadtgeschichte / Societätsverlag, 2010, pp. 200-208.
" The Tibet of Philosophers: Kant, Hegel, and Schopenhauer (PDF) (archiviato dall'url originale il 2 aprile 2015).." In: Images of Tibet in the 19th and 20th Centuries (Images du Tibet aux 19-20ème siècles, ed. da Monica Esposito. Paris: Ecole Française d'Extrême-Orient, 2008, pp. 11-70.
" OUM – Das erste Wort von Schopenhauers Lieblingsbuch (PDF) (archiviato dall'url originale il 14 marzo 2016).." In: Das Tier, das du jetzt tötest, bist du selbst ... Arthur Schopenhauer und Indien, ed. da Jochen Stollberg. Frankfurt: Vittorio Klostermann, 2006, pp. 36-50.
" NICHTS. Das letzte Wort von Schopenhauers Hauptwerk (PDF) (archiviato dall'url originale il 14 marzo 2016).." In: Das Tier, das du jetzt tötest, bist du selbst ... Arthur Schopenhauer und Indien, ed. da Jochen Stollberg. Frankfurt: Vittorio Klostermann, 2006, pp. 51-60.
" Schopenhauer's India Notes of 1811 (PDF) (archiviato dall'url originale il 2 aprile 2015).." Schopenhauer-Jahrbuch 87 (2006), pp. 15-31.
" Die Entdeckung des Zen (PDF) (archiviato dall'url originale il 2 aprile 2015).." In: Homo Medietas. Aufsätze zu Religiosität, Literatur und Denkformen des Menschen vom Mittelalter bis in die Neuzeit, ed. da Claudia Brinker-von der Heyde. Bern: Peter Lang, 1999, pp. 13-26.
" St. Francis Xavier's Discovery of Japanese Buddhism (PDF) (archiviato dall'url originale il 2 aprile 2015).. Part 1: Before the Arrival in Japan, 1547-1549". Eastern Buddhist 30, no. 1 (1997), pp. 53-78. "Part 2: From Kagoshima to Yamaguchi, 1549-1551.” Eastern Buddhist 30, no. 2 (1997), pp. 214-44. "Part 3: From Yamaguchi to India, 1551-1552.” Eastern Buddhist 31, no. 1 (1998), pp. 40-71.
"Wuxinlun -- The Treatise on No-Mind." Zenbunka kenkyūsho kiyō 21 (1995): pp. 1-68.
"Dun: A Chinese Concept as a Key to 'Mysticism' in East and West." The Eastern Buddhist Bd. XXVI No. 2 (Fall 1993), pp. 31-72.
"Reference Works for Chan Research. A selective annotated survey." Cahiers d'Extrême-Asie 7 (1993-94), pp. 357-409.
" The Making of a Chan Record (PDF) (archiviato dall'url originale il 4 marzo 2016)." Zenbunka kenkyūjo kiyō (Annual Report from the Institute of Zen Studies) No. 17 (Mai 1991), pp. 1–90.
^Copia archiviata, su en.scientificcommons.org. URL consultato il 24 ottobre 2010 (archiviato dall'url originale il 22 gennaio 2012). Scientific Commons: Facets of the life and teaching of Chan Master Yunmen Wenyan (864- 949) / (1989), 1989 [App, Urs E.]
^Presentazione in Japan-Szene No. 33, 31 ottobre 2006, p. 2.
^20 June 2014 - 21 June 2015, Copia archiviata, su musethno.uzh.ch. URL consultato il 2 marzo 2015 (archiviato dall'url originale il 16 febbraio 2015).
^Presentazione nel UniJournal. Die Zeitung der Universität Zürich, No. 2/03, 31. Marzo 2003, p. 16.
^Recensione nel quotidiano Le Monde, 4 luglio 2001.