La Treća hrvatska nogometna liga 1998-99, conosciuta anche come 3.HNL 1998-99, è stata la 8ª edizione della terza serie del campionato di calcio croato. Le 83 squadre erano divise in 5 gironi su base geografica.
Rimaste dalla 3. HNL 1997-98 :Mošćenička Draga - Istra Tar - Naprijed Hreljin - Umago
Rimaste dalla 3. HNL 1997-98 :TŠK Topolovac - Hrašće Turopoljsko - Stupnik - Bojovnik 7 Novi Golubovec - Odra
Rimaste dalla 3. HNL 1997-98 :Koprivnica - Pitomača - Sloga Čakovec - Zelengaj Kućan Gornji
Rimaste dalla 3. HNL 1997-98 :Metalac Osijek - Slavonac CO Stari Perkovci - Slobodnica - Grafičar Vodovod Osijek - Bedem Ivankovo - Fruškogorac Ilok
Rimaste dalla 3. HNL 1997-98 :Imotski - Poljičanin Srinjine - Primorac Biograd - Pakoštane