La Treća hrvatska nogometna liga 2005-06, conosciuta anche come 3.HNL 2005-06, è stata la 15ª edizione della terza serie del campionato di calcio croato. Le 86 squadre erano divise in 5 gironi su base geografica.
Nella 3.HNL 2006-07 si passerà da 5 a 3 gironi. I gironi Nord ed Est, come quelli Ovest e Centro, si fonderanno in uno solo. Il girone Sud rimarrà invariato.
Le vincitrici dei gironi Est e Nord si sfideranno in un triangolare con una squadra di seconda divisione per un posto in 2.HNL 2006-07. Le vincitrici dei gironi Ovest, Centro e Sud si sfideranno in un triangolare per un ulteriore posto in 2.HNL.
Dato che la 2.HNL sarebbe passata da 2 gironi ad uno e che i criteri di ammissione (stabilità finanziaria, stadio a norma, etc.) sarebbero diventati più restrittivi, si decise di assegnare solo un posto-promozione invece dei 2 programmati ad inizio stagione (il cambio in corsa dei regolamenti nelle serie minori croate non era infrequente). Le vincitrici del Girone Ovest (Jadran Parenzo), Nord (Suhopolje) ed Est (Croatia Đakovo) non rispettavano i criteri richiesti: quindi la promozione venne decisa da una sfida andata-ritorno fra le vincitrici del Girone Centro (Moslavina Kutina) e Sud (GOŠK Dubrovnik), le quali rispettavano i criteri.