Intorno al 1967 Stuart Gordon iniziò a frequentare l'università a Chicago, nella quale si occupò anche di direzione teatrale. Con la sua compagnia di attori (la Screw Theater), sottolineò il realismo e la crudezza delle scene, attirando così l'attenzione di molta gente ed una denuncia per oscenità, accusa che cadrà lo stesso anno. Gordon lasciò l'università per concentrarsi sul teatro e fondò l'Organic Theater. Nel 1969 Stuart Gordon si sposò con l'attrice Carolyn Purdy. La compagnia Screw Theater continuò con il loro successo, spostandosi da Los Angeles all'Europa. Dopo le esperienze di teatro Gordon decise di dedicarsi al piccolo schermo e scrisse subito un film per la TV Bleacher Bums più due episodi per il serial E/R. Con il ricavato fondò la casa di produzione Empire Pictures con il socio Charles Band. Esordì sul grande schermo nel 1985 con il film horror Re-Animator e l'aiuto dell'amico Brian Yuzna. Dirigerà l'attore Oliver Reed ne Il pozzo e il pendolo e Christopher Lambert in 2013 - La fortezza con molto successo. Molto amico del regista italiano Dario Argento, firmò due episodi del serial Masters of Horror.