In seguito alla conquista veneziana dell'isola (1212), le diocesi greche esistenti furono amministrate dai vescovi di rito latino e sottomesse al metropolita latino dell'arcidiocesi di Candia. Di questo periodo si conosce l'esistenza di un vescovo ortodosso, Gerasimo Paleocapas, che ottenne dal governo veneziano di poter occupare la sede di Kissamos finanziandola con i suoi proventi personali.[7]
Quando Creta fu conquistata dagli Ottomani (XVII secolo), furono ricostituite le diocesi di rito greco, tra cui anche quella di Kissamos. Sono pochi i vescovi conosciuti di questa nuova fase della storia della diocesi, la cui cronotassi diventa regolare solo a partire dall'Ottocento.
Il 24 novembre 1831 la diocesi fu soppressa ed unita a quella di Cidonia, ma fu ristabilita nel mese di febbraio 1860 con il nuovo nome di "diocesi di Kissamos e Selino".[8] Nel territorio di Selino esisteva, nel primo millennio, la diocesi di Cantano, che non fu più restaurata quando l'isola passò sotto il dominio ottomano.
^Le Quien riporta il nome di Teopempto; per Janin si tratta di un errore dello storico domenicano.
^Giuseppe Gerola, Per la cronotassi dei vescovi cretesi all'epoca veneta, Miscellanea di Storia Veneta della Reale Deputazione di Storia Patria, serie 3, volume 7, Venezia, 1913, p. 48. Janin, v. Cisamus, DHGE XII, col. 844.
^ab(EN) Kiminas, The ecumenical patriarchate, p. 126.
^abcdefghij(EN) Kiminas, The ecumenical patriarchate, p. 212.
^abcdefghijklmn(EN) Kiminas, The ecumenical patriarchate, pp. 126-127.