Kirschner nacque in una famiglia della borghesia colta tedesca. Suo padre Martin Kirschner (1842-1912) era un magistrato che in seguito fu consigliere comunale a Breslavia, assessore, vicesindaco di Berlino nel 1892 e infine sindaco di Berlino tra il 1899 e il 1912. Sua madre Margarethe Kalbeck era sorella del musicologo Max Kalbeck.
Il 18 marzo 1924 Kirschner eseguì con successo la prima embolectomia dell'arteria polmonare.
Egli sviluppò un nuovo metodo per la realizzazione di un esofago artificiale e un metodo per l'apertura del ginocchio.
Il suo nome ricorre nel filo di Kirschner, uno strumento rigido e sottile che Kirschner utilizzò nel trattamento delle fratture complesse.
Scritti (selezione)
N. Guleke e R. Zenker (a cura di), Trattato di tecnica chirurgica, ideato dal prof. dr. Martin Kirschner; edizione italiana a cura del prof. dr. Giovanni Panzera, Vaduz: ETIM, 1931.
Martin Kirschner e Alfred Schubert (a cura di), Allgemeine und spezielle chirurgische Operationslehre, I–V, Berlin 1927–1940.
Martin Kirschner e Otto Nordmann (a cura di), Die Chirurgie. Eine zusammenfassende Darstellung der allgemeinen und der speziellen Chirurgie, I–VI, Berlin - Wien 1926–1930.
«Ein neues Verfahren der Ösophagusplastik», Archiv für klinische Chirurgie114:2–59, 1920.
«Ein durch die Trendelenburgsche Operation geheilter Fall von Embolie der Art. pulmonalis», Archiv für klinische Chirurgie133: 312–359, 1924.
«Die Behandlung der akuten eitrigen freien Bauchfellentzündung», Archiv für klinische Chirurgie142:253–311, 1926.
«Verbesserungen der Drahtextension», Archiv für klinische Chirurgie148:651–658, 1927
«Das synchrone kombinierte Verfahren bei der Radikalbehandlung des Mastdarmkrebses», Archiv für klinische Chirurgie180:296–308, 1934
M. Goerig, J. Schulte am Esch, «Martin Kirschner: Anästhesist – Intensivmediziner – Schmerztherapeut». In: Anästhesiologie, Intensivmedizin, Notfallmedizin, Schmerztherapie29(6):343–353, 1994, DOI: 10.1055/s-2007-996756, ISSN 0939-2661.
Frank Wilhelm Hörmann, Martin Kirschner. (1879–1942), Leben, Werk, Wirkung, Tübingen: UI-Medienverlag, 2000, ISBN 3-933953-86-3 (Zugleich: Tübingen, Univ., Diss., 2000).
Michael Sachs, Geschichte der operativen Chirurgie, Vol. 3: Historisches Chirurgenlexikon. Ein biographisch-bibliographisches Handbuch bedeutender Chirurgen und Wundärzte, Heidelberg: Kaden, 2002, ISBN 3-922777-62-7.
F. W. Schildberg, G. O. Hofmann, M. H. Kirschner, «Zum 125° Geburtstag von Martin Kirschner». In: Der Chirurg.76 (1):69–74 2005, DOI: 10.1007/s00104-004-0991-9, ISSN 0009-4722.
Christoph Weißer, «Martin Kirschners willkürlich begrenzte und individuell dosierbare gürtelförmige Spinanästhesie. Grundlagen – Technik – aktuelle Bedeutung. Ein Beitrag zur Geschichte der Regionalanästhesie». In: Würzburger medizinhistorische Mitteilungen.10:39–52, 1992, ISSN 0177-5227.
Christoph Weißer, «Die Knochenbruchbehandlung bei Martin Kirschner und die Entwicklung des „Kirschnerdrahtes“. Anmerkungen zu einer genialen Idee in der Chirurgie». In: Würzburger medizinhistorische Mitteilungen.12:5–18, 1994.
Jörn Henning Wolf, «Martin Kirschner und seine schrittweise technische Vollendung der direkten Knochenzugmethodik bei Frakturen (Drahtextension)». In: Operative Orthopädie und Traumatologie.4:293–299, 1992, ISSN 0934-6694.
