Venne data in sposa a Federico II, duca di Sassonia-Gotha-Altenburg dal 1691, figlio di Federico I di Sassonia-Gotha-Altenburg e di Maddalena Sibilla di Sassonia-Weissenfels. Il matrimonio, che sanciva l'unione tra gli Ascanidi e i Wettin, venne celebrato presso il castello di Friedenstein a Gotha il 7 giugno 1696. Su suo impulso nel 1705 il marito fondò ad Altenburg il Convento di Maddalena, in onore della sua antenata Maddalena di Sassonia-Altenburg. Nella Biblioteca di Gotha sono conservate lettere della Duchessa al marito, attestanti un rapporto matrimoniale felice ed affettuoso. Da prove abbastanza modeste si comprende il suo rifiuto di consentire che la sua figlia più giovane Augusta, apprendesse la lingua inglese dopo che ella era stata promessa in sposa al presuntivo erede al trono britannico. Maddalena infatti affermò che questo "è del tutto superfluo, dato che la famiglia di Hannover è sul trono britannico da circa vent'anni, così che la gente deve parlare bene il tedesco così come l'inglese, in Inghilterra e soprattutto in ogni evento della Corte".
Rimase vedova il 23 marzo 1732 e il ducato passò a suo figlio Federico III.
Discendenza
Maddalena Augusta diede alla luce sedici figli[1]:
Sofia (Gotha, 30 maggio 1697 - Gotha, 29 novembre 1703);
