Takahashi ha iniziato la sua carriera come fumettista nei primi anni '80 con brevi opere per varie riviste come Weekly Shōnen Sunday e Weekly Shōnen Magazine[2][3]. La sua prima opera importante è stata Tokio no taka (闘輝王の鷹?), un one-shot pubblicato su Weekly Shōnen Jump nel 1990[2]. Uno dei suoi primi manga, Tennenshoku Danji Buray (天然色男児BURAY?), è stato pubblicato dal 1991 al 1992 ed è stato raccolto in due volumi tankōbon[4]. Tuttavia, Takahashi considerava molti delle sue prime storie un "flop totale"[3].
Nel 1996, creò il manga Yu-Gi-Oh! che fu serializzato su Weekly Shōnen Jump fino alla sua conclusione nel 2004[5]. La serie ha avuto un enorme successo e ha venduto oltre 40 milioni di copie. Inoltre ha anche ricevuto diversi adattamenti mediatici, in particolare due serie televisive anime, la prima del 1998 e la seconda del 2000, e un gioco di carte collezionabili[5], ovvero Yu-Gi-Oh! TCG[6]. In seguito Takahashi ha continuato a supervisionare il franchise di Yu-Gi-Oh! anche dopo la conclusione del manga originale[2].
Nel 2013 è stato pubblicato il manga one-shot Drump su Weekly Shōnen Jump, il quale è basato su un nuovo gioco ideato da Takahashi[7]. Nel 2015, Takahashi ha ricevuto il premio Inkpot dal Comic-Con International per i suoi eccezionali contribuiti ai fumetti[8]. Nel 2018, ha pubblicato la serie limitata The Comiq sempre su Weekly Shōnen Jump[9]. Ha anche scritto un manga in due parti, intitolato Secret Reverse, per la serie Marvel × Shōnen Jump+ Super Collaboration, che è uscito su Shōnen Jump+ a settembre 2019[10].
Il suo cane, uno shiba di nome Taro (タロ?), è stato la base per la carta mostro Taro Guerriero-Shiba del gioco di carte collezionabili; l'artwork della carta è stato disegnato personalmente da Takahashi[14][15].
Occasionalmente ha espresso opinioni politiche con i suoi disegni. Ad esempio, una volta ha pubblicato un disegno su Instagram raffigurante alcuni personaggi di Yu-Gi-Oh! mentre criticavano il governo di Shinzō Abe e chiedevano ai suoi fan di "votare per la giustizia" nelle elezioni della Camera dei Consiglieri del 2019; successivamente Takahashi si è scusato[16].
Morte
Il 6 luglio 2022, è stato trovato privo di vita su una spiaggia della città di Nago, a poca distanza da Okinawa, da alcuni ufficiali della guardia costiera giapponese a seguito del rapporto di un civile che era di passaggio in barca[1][17]. Secondo quanto emerso dall'autopsia effettuata sul corpo (il quale indossava un'attrezzatura da snorkeling[1]), il mangaka risultava essere deceduto almeno due giorni prima del suo ritrovamento[18], poiché erano state rinvenute le tracce di alcuni animali spazzini[19]. A partire dal 7 luglio, la guardia costiera sta conducendo un'indagine riguardo all'incidente[20]. L'11 luglio è stato stabilito che la morte è avvenuta per annegamento, con il suo corpo che presentava i segni dei morsi di uno squalo. La polizia ha stimato che la morte di Takahashi sia avvenuta alle 4 del pomeriggio[21][22]. L'11 ottobre 2022 il quotidiano militare statunitense Stars and Stripes ha confermato che Takahashi è morto nel pomeriggio del 4 luglio precedente mentre assisteva al salvataggio di altre tre persone che erano state prese da una corrente di risacca[23].
«Passando da un gioco all'altro, la serie con protagonista Yugi Muto si concentrò poi su uno solo di questi, il Duel Monsters, e tanti personaggi hanno partecipato a duelli che hanno reso immortale la saga.»
