Varley è cresciuto a Fort Worth in Texas fino al 1957, quando si trasferì a Port Arthur dove conseguì il diploma. Successivamente si iscrisse all'università ma non completò gli studi. Nel 1967, a 20 anni, arrivò nel quartiere di Haight-Ashbury a San Francisco appena in tempo per la "Summer of Love". In questo periodo svolse diversi lavori e cambiò spesso città.
Varley è stato spesso paragonato, anche da Isaac Asimov, a Robert A. Heinlein. Oltre ad avere stili di scrittura abbastanza simili, sono anche accomunati da temi come la libertà individuale e l'amore libero.
Premio Locus per la migliore raccolta per l'opera The John Varley Reader.
2009
Robert A. Heinlein Award assegnato da The Heinlein Society per la pubblicazione di opere di fantascienza e saggi che hanno ispirato l'esplorazione umana dello spazio.[3]