Primogenito dei figli sopravvissuti di Jacob III Fugger e di sua moglie, Anna Ilsung[1], dopo la morte di suo padre nel 1598 Johann si trovò a gestire le signorie di Babenhausen e Boos che aveva appunto ereditato dal genitore. Le signorie dei Fugger vennero divise tra i vari figli maschi della famiglia nel 1620 e scambiate tra i membri della stessa famiglia poco dopo. Johann ottenne così la signoria di Boos, cedendo la signoria di Babenhausen a suo fratello Massimiliano (1587–1629)[2].
Matrimonio e figli
Nel 1605 sposò la contessa Maria Eleonora di Hohenzollern-Sigmaringen (1586-1668), figlia di Carlo II di Hohenzollern-Sigmaringen. Questo matrimonio portò grande lustro alla famiglia dei Fugger in quanto gli Hohezollern-Sigmaringen erano imparentati coi ben più famosi sovrani del Brandeburgo. Johann e Maria Eleonora ebbero insieme i seguenti eredi:
Johannes Burkhardt: Das Ehrenbuch der Fugger, Faksimile, Transkription und Kommentar, 2 Bände, Wißner Verlag, Augsburg 2004 ISBN 3-89639-445-2
Christl Karnehm: Die Korrespondenz Hans Fuggers von 1566–1594. Regesten der Kopierbücher aus dem Fuggerarchiv. München 2003, ISBN 3-7696-9706-5
Franz Karg: Schloss Kirchheim Kunstführer. 2. Auflage. Kunstverlag Josef Fink, Lindenberg 2001, ISBN 3-931820-76-9
Georg Lill: Hans Fugger (1531–1598) und die Kunst. Ein Beitrag zur Spätrenaissance in Süddeutschland. Duncker & Humblot, Leipzig 1908 (Digitalisat als PDF[collegamento interrotto])
Johannes Burkhardt/Franz Karg (Hg): Die Welt des Hans Fugger (1531–1598) Materialien zur Geschichte der Fugger Bd. 1. Wissner, Augsburg 2007, ISBN 978-3-89639-557-3
Mark Häberlein: Die Fugger. Geschichte einer Augsburger Familie (1367–1650). Kohlhammer, Stuttgart 2006, ISBN 978-3-17-018472-5