Era figlio di Johann Heinrich e di Catherine Margarete. Studiò teologia presso l'Università di Halle. Sposò Leopoldine Maria Keller nel 1770, da cui ebbe quattro figli. Nel 1751 divenne pastore a Aschersleben, a Quedlinburg, e successivamente nella chiesa di San Blasio sempre nel medesimo posto, nel 1762, dopo lungo tempo diventò finalmente il primo diacono del seminario di Quedlinburg nel 1787. Morì a Quedlinburg.
Fece molte opere relative agli invertebrati acquatici, in particolare insetti e vermi. Nel 1773, fu il primo a descrivere i tardigrada.
Opere
Goeze, J. A. E. 1776. Verzeichnisse der Namen von Insecten und Wurmern, welche in dem Rosel, Kleemann und De Geer vorkommen. Naturforscher 9: 61-78 [1776], 81-85.
Con Charles De GeerAbhandlungen zur Geschichte der Insekten. Aus dem Französischen übersetzt und mit Anmerkungen hrsg. von Johann August Ephraim Goeze. Leipzig: J. C. Müller, 1776–1783.
Goeze, J. A. E. 1782. Des Herrn Baron Karl Degeer Koniglichen Hofmarschalls .... Abhandlungen zur Geschichte der Insekten aus dem Franzosischen ubersetzt und mit Anmerkungen herausgegeben. Volume 6. 200 pp., 30 pls. Raspe, Nurnberg.
Goeze, J. A. E. 1783. Entomologische Beyträge zu des Ritter Linné zwölften Ausgabe des Natursystems. Dritten Theiles vierter Band. - pp. I-XX, 1-178. Leipzig. (Weidmanns Erben und Reich).[1]
Allen G. Debus (dir.) (1968). World Who's Who in Science. A Biographical Dictionary of Notable Scientists from Antiquity to the Present. Marquis-Who's Who (Chicago) : xvi + 1855 p.