Figlio di Adolf Merz, produttore di maglieria, e di Emma Hedwig Brand.[1] Dopo le scuole dell'obbligo a Herisau e il liceo a Trogen, ha studiato scienze economiche all'Università di San Gallo, conseguendo il dottorato nel 1971.[1] Ha fatto parte dell'associazione studentesca Emporia-Alemannia.[1] Nel 1968 ha sposato Roswitha Schüller, artista, di Düsseldorf.[1]
Dal 1969 al 1974 è stato segretario del Partito Liberale Radicale del canton San Gallo e direttore dell'Associazione degli industriali di Appenzello Esterno.[1] Tra il 1974 e il 1977 ha lavorato come vicedirettore del centro di formazione dell'UBS presso il castello di Wolfsberg.[1] Dal 1977 è stato attivo come consulente aziendale indipendente in Svizzera e all'estero e ha presieduto diversi consigli di amministrazione, tra cui quelli della Banca cantonale di Appenzello Esterno dal 1993 al 1996, dell'Helvetia Patria Holding dal 2001 al 2003, e della Anova Holding AG dal 2002 al 2003.[1]
Eletto Consigliere agli Stati di Appenzello Esterno nel 1997, è stato presidente della commissione delle finanze e membro delle commissioni della politica estera e della politica di sicurezza.[1]Consigliere federale dal 2003, quale direttore del Dipartimento federale delle finanze fino al 2010 ha promosso una politica di orientamento liberale, attenta agli interessi dell'economia e favorevole alla riduzione della pressione fiscale e al ridimensionamento delle finanze pubbliche.[1] Ha ricoperto la carica di presidente della Confederazione nel 2009.[1]