Friedrich era figlio del principe Joseph Anton von Waldburg-Wolfegg-Waldsee (1766 - 1833) e di sua moglie, la contessa Maria Josepha Fugger von Babenhausen (1770 - 1848).
Nel 1833, dopo la morte del padre, entrò di diritto nella Camera dei Signori del Württemberg come secondo principe di Waldburg-Wolfegg-Waldsee. Come suo padre ed a differenza di suo cugino Constantin von Waldburg-Zeil, il principe Friedrich non fu mai particolarmente interessato alla politica del regno e preferì vivere una vita più appartata rispetto alla vita di corte di Stoccarda. Appassionato di caccia, nel 1855 fu uno dei membri fondatori del Circolo Fucilieri dell'Alta Svevia con sede a Ravensburg.
L'abolizione della servitù della gleba, avvenuta nel 1847, lo portò a ritenere che la nobiltà avrebbe potuto seguitare a mantenere il proprio status basandosi unicamente sui propri patrimoni e sui propri beni immobili. Protestò vivamente quando la rivoluzione di marzo del 1848 lo privò dei suoi privilegi esclusivi di caccia, e per questo iniziò ad interessarsi attivamente alla politica nazionale. Dal 1848 al 1849 e nuovamente dal 1852 al 1870 fu vicepresidente della Camera dei Signori di Stoccarda, ma svolse tale ruolo solo per le funzioni di rappresentanza.
Friedrich von Waldburg-Wolfegg-Waldsee morì a Wolfegg nel 1871.
Matrimonio e figli
Il principe Friedrich sposò il 10 ottobre 1832 ad Aulendorf la contessa Elisabeth von Königsegg-Aulendorf (14 febbraio 1812, Budapest - 29 maggio 1886, Zeil), primogenita del conte Franz Xavier Karl von Königsegg-Aulendorf (1787-1863) e della contessa Maria Anna Josepha Károlyi de Nagykároly (1793-1825). Friedrich ed Elisabeth ebbero cinque figli:
Franz (11 settembre 1833, Wolfegg - 14 dicembre 1906, Waldsee), sposò il 19 aprile 1860 a Monaco di Baviera la contessa Sophie Leopoldine Ludovica von Arco-Zinneberg (14 novembre 1836, Zeil - 21 dicembre 1909, Wolfegg).
Maria Anna (22 luglio 1834, Wolfegg - 27 novembre 1834, Wolfegg).
Agosto (7 luglio 1838, Wolfegg - 11 agosto 1896, Wolfegg).
Maria Josepha (20 aprile 1840, Wolfegg - 11 maggio 1885, Wolfegg), sposò il 24 febbraio 1860 a Wolfegg il conte Wilhelm von Waldburg-Zeil (26 novembre 1835, Neutrauchburg - 20 luglio 1906, Zeil).
Gebhard (17 settembre 1841, Wolfegg - 2 agosto 1912, Wolfegg)
Casimir Bumiller (a cura di): Adel im Wandel, 200 Jahre Mediatisierung in Oberschwaben, Ausstellungskatalog der Ausstellung in Sigmaringen 2006, Verlag Thorbecke, Ostfildern 2006, p. 310.
Walter-Siegfried Kircher: Katholisch vor allem? Das Haus Waldburg und die katholische Kirche vom 19. ins 20. Jahrhundert. In: Adel im Wandel. Oberschwaben von der Frühen Neuzeit bis zur Gegenwart Band 1, Verlag Thorbecke, Ostfildern 2006, ISBN 3-7995-0219-X.