Nato a Locate Varesino, figlio di Agostino e di Maria Antonia Castiglioni, la sua formazione artistica avvenne prima a Bologna presso l'Accademia Clementina, dove fu discepolo di Vittorio Maria Bigari e del Gandolfi e poi a Roma dove si trasferì dal 1773, perfezionandosi in indirizzo neoclassico, studiando le opere rinvenute durante gli scavi della Città Eterna unendosi alla cerchia del Füssli.
Nel 1774 tentò di realizzare una pubblicazione con incisioni da lui curate degli affreschi di Pietro da Cortona a Villa Chigi a Castel Fusano senza però riuscire nel suo intento. I disegni, comunque realizzati, sono oggi conservati all'interno dell'archivio della villa stessa.
Intenzionato a fare ritorno in Lombardia, nel 1777 lasciò Roma e si recò a Faenza dove ottenne la commissione per la realizzazione di due grandi tele per la chiesa del locale ospedale del Fatebenefratelli tramite padre Brambilla, un suo conterraneo. Rimase a Faenza cinque anni, lavorando anche a degli ovali collocati poi nella cattedrale locale. Sempre a Faenza, il Comerio conobbe e si maritò con Lauretana Benini, figlia di Paolo, primo pittore e direttore nella celebre fabbrica di maioliche del conte Ferniani. Grazie a questa preziosa parentela, il pittore lombardo si dedicò anche alla decorazione di ceramiche affiancando dapprima il suocero e poi lavorando in proprio e dando alla decorazione della maiolica uno stile tutto personale utilizzando il cosiddetto "verde Comerio" che da lui appunto prende il nome e altri colori tra cui nero, color ruggine e porpora.
Dipinti nella chiesa parrocchiale di Santa Maria Nascente di Fenegrò (CO)
Elia che sale al cielo su un carro di fuoco lascia al discepolo Eliseo il suo mantello e la volta del presbiterio chiesa di sant'AnnaAlbino, 1788-1790[1].
Gabriella Lippi, Filippo Comerio, un pittore lombardo a Faenza, pp. 43-58 in Anna Colombi Ferretti, Gabriella Lippi (a cura di), Settecento riformatore a Faenza. Antefatti del neoclassicismo e il patrimonio d'arte dell'ospedale, Catalogo della mostra tenutasi a Faenza, Palazzo Milzetti, 20 novembre 1999 - 27 febbraio 2000, Ferrara, Edisai, 1999, p. 195 XV, 195 pontanar
A. STROCCHI, Memorie istoriche del Duomo di Faenza e de' personaggi illustri di quel capitolo, Faenza, Montanari e Marabini, 1838, pp. 17-18