Sede eparchiale è la città di Arcangelo, dove si trova la cattedrale di Sant'Elia. L'eparca ha il titolo ufficiale di «metropolita di Arcangelo e Cholmogory».
L'eparchia di Cholmogory è stata eretta nel mese di marzo del 1682. Nel 1732 assunse il nome di eparchia di Arcangelo e Cholmogory. Nel 1762 la cattedrale e gli uffici della curia furono definitivamente trasferiti a Arcangelo. Nel 1995 l'eparchia ha assunto il nome attuale.