Attore, uomo d'affari e produttore, Edwin Thanhouser nacque nel Maryland, a Baltimora, nel 1865. Nel 1893, entrò a far parte della compagnia teatrale di Alessandro Salvini. La morte di Salvini, quattro anni dopo, fece sciogliere la compagnia. Thanhouser, allora, si aggregò ad altri gruppi teatrali, girando per gli Stati Uniti e il Canada.
L'8 febbraio 1900, Thanhouser sposò l'attrice Gertrude Homan. Insieme a lei, si trasferì a New Rochelle, nello stato di New York, dove trasformò una vecchia pista di pattinaggio negli studi di una casa di produzione che prese il nome di Thanhouser Company. La nuova compagnia, pioniera dell'industria del cinema muto, fu fondata da Thanhouser, sua moglie Gertrude e dal cognato Lloyd Lonergan, marito di Molly, una delle sorelle di Gertrude. Il primo film prodotto uscì in distribuzione il 15 marzo 1910.
Nel 1911, Florence La Badie diventò la star della compagnia. Messa sotto contratto da Thanhouser, l'attrice, amica di Mary Pickford, arrivava dalla Biograph di David W. Griffith dove aveva cominciato a muovere i primi passi in campo cinematografico. In poco tempo, era diventata una delle più popolari attrici dell'epoca, rivelandosi un ottimo investimento per la Thanhouser.
Nel 1912, Edwin Thanhouser vendette la compagnia a Charles J. Hite ma, nel 1915, dopo la morte di Hite in seguito a un incidente automobilistico, venne richiamato a dirigere la società senza però riuscire più a ottenere i successi precedenti. Dopo la morte improvvisa di Florence La Badie, la casa perse non solo la sua star ma anche prestigio e importanza. Fu messa in liquidazione nel 1918.
Edwin Thanhouser si rivolse agli investimenti assicurativi e diventò, nei suoi ultimi anni, un collezionista d'arte. Morì il 21 marzo 1956 a New York all'età di 90 anni.