Sede vescovile era la città di Brandeburgo sulla Havel, dove, nel quartiere di Dominsel, si trovavano la cattedrale dei Santi Pietro e Paolo, il capitolo dei canonici ed altre istituzioni ecclesiastiche. Il Dominsel godette per molti secoli del privilegio dell'immunità e solo nel 1929 fu incorporato a pieno titolo nel territorio comunale.
La rivolta della tribù pagana slava dei Venedi o Vendi nella seconda metà del X secolo fece ricadere la regione nel paganesimo. In questo periodo continuarono ad essere nominati dei vescovi, i quali per lo più operavano nella diocesi vicine come ausiliari locali. Solo nel XII secolo i vescovi poterono riprendere possesso della loro sede, dopo la definitiva sconfitta dei Venedi e la germanizzazione del territorio. Con Wigger (1138) iniziò una serie di vescovi premostratensi, che occuparono la sede di Brandeburgo fino al XV secolo.
A partire dal 1161/1165 venne istituito il principato ecclesiastico, che tuttavia non riuscì mai a ottenere il controllo su un territorio significativo, essendo messo in ombra dalla marca del Brandeburgo. Esso comprendeva quattro baliaggi: Brandeburgo sulla Havel, Ketzin, Teltow e Ziesar, dove si trovava la residenza più importante dei principi-vescovi. Oltre a questi, c'erano altri territori su cui i vescovi di Brandeburgo esercitavano l'amministrazione civile, ma che appartenevano ecclesiasticamente a diocesi vicine.
Il vescovo Wilmar consacrò la cattedrale nell'agosto del 1170.
Nel XII secolo la diocesi era costituita da due arcidiaconati, Brandeburgo e Leitzkau, cui si aggiunsero nel secolo successivo Berlino, Liebenwalde, Stolpe e Bernau. Sono noti anche diverse arcipreture e prevostati. Al momento della soppressione la diocesi comprendeva 18 arcidiaconati.
Una bolla di papa Niccolò V del 1447 concesse al principe elettore del Brandeburgo il diritto di nomina dei vescovi.
La diocesi fu soppressa di fatto con l'avvento del luteranesimo. Fu durante l'episcopato di Hieronymus Schulz (1507-1521), che si manifestò la ribellione a Wittenberg, città che apparteneva alla diocesi, nel 1512; il clero si rivoltò contro il vescovo, rifiutandosi di recarsi al sinodo diocesano e di pagare le tasse dovute al vescovo. Poco dopo Martin Lutero pubblicò a Wittenberg le sue tesi, inizio della riforma protestante.
Dietrich von Hardenberg, vescovo dal 1521 al 1526, cercò invano di opporsi alla marea luterana che stava invadendo la diocesi, dove sempre più frequenti erano le distruzioni di chiese e gli incendi agli edifici religiosi. Fu anche l'ultimo prelato di Brandeburgo che cercò di opporsi al luteranesimo. Il suo successore, Matthias von Jagow (1532-1544), non ricevette mai gli ordini, né il sacerdozio né l'episcopato; nel 1539 abiurò la fede cattolica e si sposò. Konrad Eubel riporta nella sua Hierarchia catholica un ultimo vescovo di Brandeburgo, Joachim Herzog von Münsterberg, che si dimise nel 1560; anche questo vescovo probabilmente non ricevette mai gli ordini sacri.
Mappa delle diocesi e delle province ecclesiastiche tedesche prima della riforma protestante (estratta da: Reginald Lane Poole, Historical Atlas of Modern Europe, 1902, tavola XXXVII - Germania Sacra)
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