Nella stagione 1963-1964 i colchoneros, allenati da Rafael García Repullo fino alla 14ª giornata e poi da Sabino Barinaga, terminano il campionato al settimo posto. In Coppa del Generalísimo, l'Atlético Madrid viene sconfitto in finale dal Real Saragozza. In Coppa delle Fiere, i rojiblancos perdono agli ottavi contro la Juventus.