Nella stagione 1961-1962 i colchoneros, allenati da José Villalonga fino alla 30ª giornata e poi sostituito dal secondo Tinte per le restanti gare, terminarono il campionato al terzo posto, mantenendo imbattuto il Metropolitano. In Coppa del Generalísimo l'Atlético Madrid, campione in carica, venne sconfitto a seguito di uno spareggio già ai sedicesimi di finale dal Baskonia, squadra militante in Segunda División. Il cammino europeo portò la squadra a vinceree la Coppa delle Coppe, primo titolo continentale (sarà l'unico fino al 2010)[2] e per di più da imbattuta, in finale contro gli italiani della Fiorentina. Quell'anno si dovette ricorrere alla ripetizione per assegnare la coppa, ma tale partita fu giocata a settembre data la concomitanza del campionato del mondo 1962 in Cile. La squadra di Villalonga esordì contro i francesi del Sedan che sconfissero con un risultato aggregato di 7-3. Agli ottavi di finale gli inglesi del Leicester City furono superati grazie alla vittoria per 2-0 di Madrid, dopo il pari per 1-1 al Filbert Street.[3] Ai quarti i rojiblancos affrontarono i tedeschi occidentali del Werder Brema, pareggiando all'andata e vincendo al ritorno rispettivamente per 1-1 e 3-1. In semifinale i tedeschi orientali del Motor Jena furono sconfitti agilmente con un risultato complessivo di 5-0.