Carlo Egon era l'unico figlio del generale austriaco principe Carlo Luigi di Fürstenberg e di sua moglie, la principessa Elisabetta di Thurn und Taxis. Pochi giorni dopo la morte di suo padre (25 marzo 1799), morì anche suo cugino Carlo Gabriele della linea di boema di Křivoklát (13 dicembre 1799), alla giovanissima età di 14 anni. Suo zio Carlo Gioacchino, ultimo discendente maschio della linea principesca dei Fürstenberg, morì nel 1804 e come tale Karl Egon ereditò complessivamente tutti i beni della sua famiglia unendoli in un solo dominio, lasciando indipendente solo il ramo della casata dei Fürstenberg in Moravia.
Fu proprio un suo lontano zio, il langravio moravo Gioacchino Egon di Furstenberg che nel 1804 prese la reggenza col nipote Carlo Egon che all'epoca aveva solo sette anni, ed intraprese contemporaneamente una relazione extraconiugale con la principessa vedova, la madre del principe.
Ruolo politico dopo la mediatizzazione del Principato
Come aristocratico, pur con la mediatizzazione del suo principato, Carlo Egon era divenuto automaticamente membro della prima sezione degli stati generali del Granducato di Baden di cui divenne, dal 1819 al 1852 ininterrottamente per 33 anni, vicepresidente, durante la presidenza del principe Guglielmo di Baden.
Per la dislocazione dei suoi ex possedimenti fu membro degli stati generali del Württemberg e dello stato prussiano, senza mai però riuscire a ricoprire cariche equivalenti elevate. La letteratura storica dei contemporanei lo descrive come un progressista e pare che abbia dato un contributo notevole per l'emanazione di una legge per la libertà di stampa che ebbe il pregio se non altro di garantirla nel Baden.
Mecenatismo
Pur avendo perso la qualifica di principe sovrano, Carlo Egon II continuò a risiedere nello storico castello di famiglia a Donaueschingen ove coltivò la passione per la musica ed il teatro assieme alle varie collezioni di dipinti, incisioni, monete e manoscritti. Dal 1818 al 1822 assunse Conradin Kreutzer come maestro di cappella a Donaueschingen, chiamando a sostituirlo dal 1822 al 1866 il boemo Václav Kalivoda.
Carlo Egon inoltre ampliò la Biblioteca di Corte di Donaueschingen, in particolare con l'acquiszione della collezione Laßberg nel 1853 e la aprì per la prima volta al pubblico.
Discendenza
Il principe Carlo Egon e la principessa Amalia di Baden ebbero:
Karl Siegfried Bader: Fürstin Elisabeth zu Fürstenberg im Kampf um die Erhaltung der Rechte ihres mediatisierten Hauses, in: Schriften des Vereins für Geschichte und Naturgeschichte der Baar und der angrenzenden Landesteile in Donaueschingen, XXIV. Heft 1956, Donaueschingen 1956; S. 119-153 onlineArchiviato il 4 marzo 2016 in Internet Archive. (PDF; 43,9 MB)