Il torneo si è articola in tre fasi: la prima è consistita in un girone all'italiana con gare di andata e ritorno al termine della quale le sedici partecipanti sono state divise in due gironi da otto squadre ciascuno. La seconda fase si è svolta sempre con il sistema del girone all'italiana e tutte le formazioni sono partite dal punteggio ottenuto durante la prima parte del campionato. Al termine dei due mini gironi (denominati liguilla) le due prime classificate hanno avuto accesso alla finale valevole per l'assegnazione del titolo nazionale. La finale si è svolta con la formula dell'andata e del ritorno, i punteggi delle due partite non sarebbero stati sommati e quindi, nel caso in cui entrambe le contendenti avessero vinto una delle due gare, si sarebbe procedutp ad un terzo incontro di spareggio[2].
Il Real Garcilaso ha ottenuto la qualificazione alla Coppa Libertadores 2014 come Perù 3 grazie alla vittoria della Primera Etapa, avendo poi vinto anche la successiva Liguilla che metteva in palio i restanti posti disponibili (Perù 1 e Perù 2), la terza squadra peruviana a qualificarsi per la Coppa Libertadores è diventata quella con il punteggio complessivo migliore ad esclusione delle due finaliste.
^abcIl Real Garcilaso è stato penalizzato di un punto per aver schierato troppi giocatori stranieri nella partita disputata il 10 marzo 2013 contro il León de Huánuco valevole per la 5ª giornata del campionato. La partita, originariamente terminata 0-0, è stata così assegnata al León con il punteggio di 3-0 a tavolino. Si veda (ES) Real Garcilaso perdería puntos por presentar cinco extranjeros ante León de Huánuco, El Comercio, 10 marzo 2013. URL consultato il 24 dicembre 2013.
^abcdefLa partita del 24 luglio 2013 valevole per la 26ª giornata di campionato è stata assegnata a tavolino al Real Garcilaso a causa del rifiuto dello Sporting Cristal di giocare la gara a causa della morte del giovane giocatore Yair Clavijo avvenuta durante l'incontro disputato dalle rispettive squadre riserve. Si veda (ES) Real Garcilaso se presentó en Urcos y ganó por W.O. a Sporting Cristal, El Comercio, 24 luglio 2013. URL consultato il 24 dicembre 2013.
^abL'Alianza Lima ha ottenuto un punto di bonus per aver conquistato il secondo posto nel campionato riserve 2013 (Torneo de Promoción y Reserva).
^abL'Universidad de San Martín ha ottenuto due punti bonus per aver vinto il torneo riserve 2013 (Torneo de Promoción y Reserva).