Lavorò soprattutto per conto dei duchi di Milano grazie ai quali effettuò una intensa attività artistica in tutta la regione lombarda. Fu chiamato spesso a operare a Milano e Pavia lasciando ai fratelli la gestione della bottega cremonese, fondata attorno al 1420 dal padre Giovanni[1].
Il trittico oggi diviso tra il Museo Civico “Ala Ponzone” di Cremona e l’Art Museum di Denver, negli Stati Uniti, con Bacio tra sant’Anna e san Gioacchino alla Porta d’Oro, Incoronazione di Gesù e della Vergine,Adorazione dei Magi, secondo la studiosa statunitense Evelyn Welch è da identificare come una pala proveniente dalla chiesa di Sant’Agostino a Cremona nella cappella dedicata ai santi Daria e Crisante, celebrante la ricorrenza del matrimonio tra Bianca Maria e Francesco Sforza, avvenuto il 25 ottobre del 1441[2].
Su numerose delle opere elencate, spesso riferite alla "bottega di Bonifacio Bembo", in molti casi la critica discute se siano da attribuirsi alla mano di Bonifacio, dei fratelli Benedetto, Ambrogio o Gerolamo, o ad altri collaboratori.
il Salterio diurno ora a Mirandola, Centro Culturale Polivalente (considerato la prima opera di Bonifacio, del 1442)
Offiziolo miniato per i frati ospitalieri di S. Antonio di Cremona, 1452
Decorazione ad affresco della volta e dell’abside, 1440-1445 circa, Cremona, Sant’Agostino, cappella Cavalcabò
Pala dei santi Crisante e Daria, per un altare della Chiesa di Sant'Agostino a Cremona, perduta o da riconoscere nel trittico conservato tra Cremona e Denver (vedi sotto)
Ritratti dei duchi Bianca Maria e Francesco Sforza, cappella Cavalcabò in S. Agostino a Cremona
Madonna con il Bambino in trono e due angeli, 1464-1467, (il manto è di Boccaccio Boccaccino, 1507) Cremona, Museo Civico “Ala Ponzone”, già sull’altare maggiore del Duomo
Madonna con il Bambino in trono, santi e un donatore, 1455-1460 circa, Cremona, Sant’Omobono
I Tarocchi Visconti di Modrone (o Tarocchi Cary-Yale) sono il più antico mazzo di Tarocchi conosciuto, conservato oggi alla Biblioteca dell'Università di Yale.
Il mazzo Brera-Brambilla, Quarantotto carte da tarocco, dal 1971 di proprietà della Pinacoteca di Brera (Milano). Fu realizzato dalla bottega cremonese del Bembo tra il 1442 e il 1444 circa per il duca di Milano Filippo Maria Visconti[7].
Il mazzo Pierpont-Morgan Bergamo, detto anche Colleoni-Baglioni e di Francesco Sforza, risale al 1451 circa. In origine era composto da 78 carte (22 trionfi di cui ne restano 20). Sono quindi rimaste 74 carte: 35 si trovano nella biblioteca Pierpont-Morgan a New York, 26 presso l'Accademia Carrara e 13 fanno parte della collezione privata della famiglia Colleoni di Bergamo.
decorazione della cappella ducale nel castello sforzesco di Milano, condotta con Stefano De Fedeli e Giacomino Vismara, del1473
affreschi della cappella di S. Maria di Caravaggio, perduti
trittico con la Incoronazione (Museo di Cremona) Incontro di Gioachino ed Anna, Epifania (ora a Denver, Colorado)
quarantasei tavolette da soffitto con Storie della Genesi e di Giuseppe che in origine ornavano un ambiente al piano terreno di palazzo Meli a Cremona, ora nel Museo Ala Ponzone, realizzate in collaborazione con il fratello Ambrogio
San Lorenzo e santo Martire, detti Santi Harris, Leicester (New Walk Museum and Art Gallery)[8]
Genealogia dei Principi d'Este, manoscritto membranaceo Ms.Vitt.Em.293 Biblioteca nazionale centrale di Roma[9], 1471-1474
affreschi nella cappella della Rocca di Monticelli d’Ongina, eseguiti per Carlo Pallavicino dopo l’elezione a vescovo di Lodi nel 1456, le Storie di san Bassiano, i Profeti, le lunette con San Giorgio e la principessa, la Crocifissione e la Deposizione (in corso di attribuzione ai fratelli)
Madonna della cintola, Ubicazione ignota (già Lucca, collezione Vangelisti) 1447-1452 circa
San Giorgio (?), Châalis, Musée Jacquemart-André, 1450 circa
Crocifissione tra san Nicola da Tolentino e san Bernardino da Siena, Firenze, collezione Acton
Incoronazione di Cristo e di Maria da parte di Dio Padre, 1445-1450 circa, Avignone, Musée du Petit Palais
Cappella ducale, Castello Sforzesco (Milano).
San Giorgio, Cappella di Corte, Rocca di Monticelli d'Ongina.
Historia di Lancillotto del Lago (Pal. 556), Biblioteca Nazionale di Firenze.
^"Le muse"De Agostini, Novara, 1964, Vol. II, pag.177
^Carmen Artocchini Castelli piacentini - Edizioni TEP Piacenza 1967
^PALATINO 556, su bncf.firenze.sbn.it. URL consultato il 21 gennaio 2021 (archiviato dall'url originale il 9 aprile 2020).
^"Quelle carte de triumphi che se fanno a Cremona". I tarocchi dei Bembo. Dal cuore del Ducato di Milano alle corti della valle del Po, Marco Tanzi- Sandrina Bandera, Skira, Milano, 2013; catalogo della mostra a Milano, PINACOTECA DI BRERA, 20 febbraio - 7 aprile 2013.
Laura P. Gnaccolini, Sulle tracce dei Bembo a Brescia, in Marco Rossi (a cura di), La pittura e la miniatura del Quattrocento a Brescia. Atti della Giornata di studi: Università cattolica, Brescia, 16 novembre 1999, Milano, Vita e Pensiero, 2001, pp. 35-60, ISBN88-343-0522-1.