La Baltic Basketball League 2012-2013 è stata la 9ª edizione della Lega Baltica. La vittoria finale fu ad appannaggio dei lettoni del Ventspils sui lituani del Prienai.
La stagione vide grandi cambiamenti: la fusione tra Elite Division e Challenge Cup, con la partecipazione di 23 squadre suddivise in quattro gironi, e la successiva ammissione alla TOP-16, sul modello della ULEB Cup, e soprattutto la non partecipazione, per la prima volta nella storia della manifestazione, delle tre principali squadre, ovvero i lituani dello Žalgiris Kaunas e del Lietuvos Rytas, oltre che i lettoni del VEF Rīga.
Nella prima fase, denominata Regular Season, le 23 squadre sono divise in 4 gironi (tre gironi da 6 e uno da 5) e si incontrano in partite di andata e ritorno. Le migliori 4 squadre di ogni girone passano alla fase successiva, la Top 16, dove vengono divise in 4 gironi da 4 squadre con partite di andata a ritorno. Le prime due di ogni girone si qualificano per la fase a eliminazione diretta, che parte dai quarti di finale.