L'esercito si formò in condizioni sfavorevoli e soffrì di un rifornimento di armi molto limitato. Le carenze critiche includevano i carri armati ed altre armi pesanti. Il primo comandante dell'esercito fu Sefer Halilović.
1992
Nel 1992, l'ARBiH stava perdendo la maggior parte delle battaglie e, di conseguenza, il 70% della Bosnia era sotto il controllo dell'Armata Popolare Jugoslava (JNA), in seguito dell'Esercito serbo-bosniaco (VRS). Sarajevo era sotto assedio. L'ARBiH aveva difeso Sarajevo con armi leggere. L'esercito era circondato e il trasferimento dei rifornimenti era difficile, se non impossibile. Tuttavia, le forze dell'ARBiH all'interno della sacca di Bihac stavano costantemente difendendo il territorio nonostante fossero circondate da forze ostili.
1993
Il 1993 non vide grandi cambiamenti in prima linea contro i serbi. Invece, quest'anno segnò l'inizio della guerra croato-bosniaca nella Bosnia centrale e in Erzegovina, in particolare la regione di Mostar. Sotto pressione e contenute dalle forze serbe pesantemente armate in Bosnia-Erzegovina e in Croazia, le forze della milizia etnica croata, il Consiglio di difesa croato (HVO), spostarono la loro attenzione dalla difesa delle loro parti della Bosnia dai serbi alla tentazione di conquistare il territorio rimanente detenuto dall'esercito bosniaco. È opinione diffusa che ciò fosse dovuto all'accordo di Karađorđevo raggiunto tra i presidenti Slobodan Milošević e Franjo Tuđman per dividere la Bosnia tra la Croazia e la Serbia. Per raggiungere questo obiettivo, le forze croate avrebbero dovuto sconfiggere l'esercito bosniaco, poiché il territorio che volevano era sotto il controllo del governo bosniaco. L'HVO, con grande impegno da parte dei militari della Repubblica di Croazia e il sostegno materiale dei serbi, attaccò la popolazione civile bosniaca in Erzegovina e nella Bosnia centrale, avviando una pulizia etnica dei territori popolati della Bosnia, come nella pulizia etnica della valle di Lašva.
Le forze bosniache ampiamente mal equipaggiate, combattendo su due fronti, furono in grado di respingere i croati e ottenere territorio contro di loro su tutti i fronti. A quel tempo, a causa della sua posizione geografica, la Bosnia era circondata da forze croate e serbe da tutte le parti. Non c'era modo d'importare armi o cibo. Ciò che salvò la Bosnia in quel momento fu il suo vasto complesso industriale (acciaio e altre industrie pesanti), che fu in grado di passare alla produzione militare. Dopo una breve ma sanguinosa guerra, e una volta che i croati si resero conto che la loro collaborazione con i serbi non avrebbe portato loro alcun vantaggio territoriale, accettarono l'accordo di pace del "Trattato di Washington" della leadership americana. Da quel momento in poi, le forze governative croate e bosniache combatterono come alleati contro i serbi.
1994
Venne concordata una rinnovata alleanza tra l'HVO e l'ARBiH, con l'obiettivo di formare una forza forte in grado di combattere il VRS molto più forte e meglio equipaggiato. Questo fu il momento di frequenti negoziati di pace.
1995
Nonostante la perdita di diversi enclavi, in particolare Srebrenica, il 1995 fu caratterizzato dalle offensive del HVO e dell'ARBiH e successivamente dall'intervento NATO. A seguito dell'accordo di Spalato, l'esercito croato, con la cooperazione di ARBiH e HVO, lanciò una serie di operazioni: Flash[Che tipo di collaborazione avvenne con ARBiH o HVO in relazione all'operazione Flash?], Summer '95, Storm e Mistral 2. Insieme, le forze bosniache lanciarono operazioni come Sana. Gli eserciti bosniaco e croato erano all'offensiva in questa fase, conquistarono tutta la Bosnia occidentale e la capitale serba Banja Luka fu seriamente minacciata poiché entrambe le forze erano a 20 km fuori città, fino a quando i negoziati di pace fermarono ulteriori spargimenti di sangue.
Da agosto a dicembre 1995, le forze serbe vennero sconfitte e cacciate dalla maggior parte della Croazia e della Bosnia occidentale e la popolazione etnica serba fuggì da queste parti.[senza fonte]
La leadership politica di Sarajevo s'incontrò a Mehurici per decidere le alternative se la Slovenia e la Croazia avessero dovuto seguire i loro piani dichiarati per dichiarare l'indipendenza. Dopo questa riunione del consiglio Hasan Cengic incontrò Rusmir Mahmutcehajic per proporre la formazione di una forza paramilitare che sarebbe stata un'aggiunta al SDA. Una volta approvata da Alija Izetbegvic si costituì la prima organizzazione di difesa nota come "Lega Patriottica". Un'altra forza paramilitare nota come "Berretti Verdi" sarebbe stata formata dalla gente per aiutare i luoghi dove non vi era alcuna difesa organizzata dall'autorità locale. Quando la Bosnia dichiarò l'indipendenza, venne istituita la "Difesa Territoriale" come esercito ufficiale dello stato e la Lega Patriottica venne integrata un mese dopo. L'esistenza di altri gruppi armati avrebbe portato il governo a richiedere l'unificazione di tutte le entità armate in una formazione creando una forza armata ufficiale. Questa richiesta di riforma non durerà a lungo poiché tutte le altre entità, tranne quelle dei separatisti, si uniranno per costituire un esercito centralizzato. L'esercito appena riformato sarebbe stato ancora noto come "Difesa Territoriale" fino a luglio, quando venne ufficialmente istituito l'Esercito della Repubblica di Bosnia ed Erzegovina.
La Lega Patriottica fu la prima forza paramilitare organizzata creata per difendere la nazione in caso di aggressione da parte di militanti anti-bosniaci.
La Forza di difesa territoriale della Repubblica di Bosnia ed Erzegovina (Teritorijalna odbrana Bosne i Hercegovine (TO BiH) fu la prima forza armata ufficiale della Bosnia ed Erzegovina all'inizio della guerra in Bosnia. Essa alla fine si trasformò in Esercito della Repubblica di Bosnia ed Erzegovina.
I Berretti Verdi erano un'organizzazione paramilitare fondata a Sarajevo. Alla fine vennero integrati nell'esercito di recente costituzione della Repubblica di Bosnia ed Erzegovina. Il nome venne usato come termine dispregiativo per i bosniaci dai serbi durante la guerra, poiché molti membri del personale all'interno dell'unità militare erano musulmani.
La Divisione Handzar venne formata dal governo croato come forza paramilitare segreta composto da bosniaci, albanesi ed altri volontari. Addestrata ed equipaggiata in Croazia, l'unità combatté anche lì nelle prime fasi della guerra croata. Con l'aiuto dei servizi segreti croati, i soldati vennero trasportati in Bosnia dove combatterono nelle normali unità dell'esercito e della polizia.
Le Forze di difesa croate furono una forza paramilitare formata in Croazia dal Partito Croato dei Diritti che fungeva da ala militare. Le unità stabilite in Bosnia combatteranno a fianco delle forze bosniache e croate. Il comandante della forza paramilitare in Bosnia accettò la subordinazione con lo stato maggiore dell'esercito bosniaco. Questa scelta lo avrebbe fatto assassinare dalla fazione anti-bosniaca nel Consiglio di difesa croato. Con l'aumentare dei morti questa forza armata svanì lentamente e le poche unità sarebbero state assorbite e riorganizzate nell'esercito bosniaco.
Il Consiglio di difesa croato di Sarajevo venne istituito come rappresentante politico e militare del popolo croato a Sarajevo. L'organizzazione di Sarajevo era collegata al resto del Consiglio di difesa croato. Quando i separatisti croato-bosniaci combatterono contro le forze governative bosniache questa formazione non s'impegnò. Alla fine, venne abolito e riformato nella brigata croata "Re Tvrtko" all'interno del I Corpo d'armata dell'esercito bosniaco.
Dopo la centralizzazione
Il nuovo esercito venne diviso in corpi d'armata, ciascuno di stanza in un particolare territorio. Nel 1993, la maggior parte delle brigate vennero ribattezzate Truppe di montagna dato che la mancanza di armi pesanti rese organizzativamente inutile elencarle come fanteria o fanteria motorizzata. Inoltre, il terreno bosniaco favoriva la fanteria leggera rispetto alle formazioni corazzate e meccanizzate. Le forze speciali a fianco della polizia militare erano controllate direttamente dallo stato maggiore dell'esercito, ma ciò non negava ancora che formazioni di unità più piccole di op. spec. e battaglioni di polizia militare o brigate specificatamente si formassero in modo indipendente nei corpi d'armata.
Questo corpo d'armata si formò nel 1992 ed ebbe un grande successo nel tenere l'area di Tuzla e in operazioni come "Operazione Vozuća". Questo era anche l'unico corpo d'armata che ebbe un collegamento diretto in una sola volta durante la guerra con l'81ª Divisione indipendente. Il corpo d'armata era attivo nella regione di Tuzla.
Il corpo d'armata si formò nel 1992 e, a causa del rapido cambiamento dei combattimenti, vennero liberate città come Vareš. Il corpo d'armata era attivo all'interno della Bosnia centrale.
Il corpo d'armata era famoso per la difesa riuscita della città di Mostar. Il corpo d'armata venne formato nel 1992 e collaborò anche con le Forze di difesa croate. Nonostante ciò, il corpo d'armata era attivo e responsabile delle operazioni all'interno della regione di Mostar in Bosnia Centrale durante la guerra croato-bosniaca.
Il V Corpo d'armata formato nel 1992 fu uno dei corpi più organizzati e decorati all'interno dell'esercito. Il corpo d'armata era attivo all'interno della Bosnia occidentale (nella regione di Bosanska Krajina vicino a Bihać) e fu responsabile della liberazione di gran parte del territorio controllato dalla Repubblica di Bosnia ed Erzegovina in operazioni come: Operazione Mistral 2, Operazione Storm e Operazione Sana.
Il corpo d'armata era uno dei più importanti in quanto liberò molti territori all'interno della Bosnia centrale. Il corpo d'armata fu famoso per il successo ottenuto con la conquistaa del Monte Vlašić, che fu un punto strategico per tutte e 3 le parti in guerra.
Quest'unità non era classificata come un corpo d'armata, piuttosto come una divisione indipendente perché la divisione non era collegata a nessun corpo d'armata all'interno della regione. Questa divisione era responsabile delle operazioni militari attorno all'enclave di Srebrenica.
Quest'unità non era classificata come un corpo d'armata, piuttosto come una divisione indipendente perché la divisione non era collegata a nessun corpo d'armata all'interno della regione. Questa divisione era responsabile delle operazioni militari attorno all'enclave di Goražde.
La 120ª Brigata leggera "Cigni Neri" era un'unità d'élite responsabile di operazioni ad alto rischio, principalmente operazioni bersaglio di alto valore come l'eliminazione delle posizioni di artiglieria/bunker/tiratori intorno alla città di Sarajevo e Tuzla. L'unità ebbe una lunga storia, dato che esistette prima dell'esercito ufficiale nella Lega Patriottica e quindi nella Difesa Territoriale come unità speciale per scopi specifici.
La Brigata della Guardia "Delta" era un'unità d'élite che esistette nell'esercito bosniaco fino a quando non si sciolse un anno dopo perché si stimò che il suo personale comandante fosse fedele al generale dell'esercito. Il controspionaggio bosniaco era stato infiltrato da persone che stavano fornendo informazioni alla parte nemica. Con alte posizioni esse convinsero il presidente che l'unità avrebbe eseguito un colpo di Stato contro il governo.
La Brigata della Guardia venne formata come una forza di schieramento rapido abbastanza tardi nella guerra. Sarebbe stata piena di gente proveniente da un battaglione di polizia militare a Sarajevo e infine da altre formazioni. Oltre ai compiti di combattimento, la brigata forniva anche la sicurezza allo stato maggiore e aveva una squadra d'onore per l'accoglienza delle cerimonie in onore delle delegazioni e degli ospiti della presidenza bosniaca.
Il Distaccamento di polizia per scopi speciali "Bosna" è stata la prima forza di polizia speciale che è cresciuta da quella della precedente repubblica. Reso iconico da Dino Merlin e dalla sua canzone Vojnik Srece che ha dedicato all'unità. Durante l'addestramento e l'equipaggiamento, questa unità guardò alla forza di polizia speciale tedesca GSG-9.
Distaccamento di polizia per scopi speciali "Lasta"
Il Distaccamento di polizia per scopi speciali "Lasta" è stata la seconda forza di polizia speciale creata da una decisione presa dal Ministero degli Affari Interni. Mentre l'altra squadra speciale di polizia si concentrava sui combattimenti a Sarajevo, questa squadra era accessibile a combattere in tutte le aree sotto il controllo del governo.