Sede arcivescovile è la città di Santo Domingo, dove si trova la cattedrale di Santa Maria dell'Incarnazione. A Bayaguana sorge il santuario nazionale del Santo Cristo dei Miracoli (Santuario Nacional Santo Cristo de los Milagros).
Il territorio si estende su una superficie di 3.995 km² ed è suddiviso in 215 parrocchie articolate in 12 zone pastorali.
Il 15 novembre 1504papa Giulio II con la bollaIllius fulciti praesidio eresse le prime circoscrizioni ecclesiastiche sull'isola di Hispaniola nel Nuovo Mondo. Si trattava dell'arcidiocesi di Yaguate e di due suffraganee, Bainoa e Amanguá. La bolla definitiva anche i limiti e i territori delle rispettive giurisdizioni. Tuttavia, a causa dell'opposizione del patronato regiospagnolo, la bolla non divenne esecutiva.[3]
L'8 agosto 1511 lo stesso papa annullò la precedente disposizione e, con la bolla Romanus pontifex, eresse tre nuove sedi, le diocesi di Santo Domingo, di Concepción e di San Juan di Porto Rico (oggi arcidiocesi), tutte suffraganee dell'arcidiocesi di Siviglia in quanto precedentemente le missioni americane erano soggette a questa arcidiocesi. Queste tre diocesi furono le prime ad essere erette nel continente americano.
Primo vescovo residente di Santo Domingo fu un italiano, Alessandro Geraldini, già vescovo di Vulturara e Montecorvino, che prese possesso della sede americana nel mese di ottobre del 1519.[4] A lui si deve l'inizio dei lavori per la costruzione dell'attuale cattedrale, portata a compimento e consacrata nel 1541.
Il 21 giugno 1531 la diocesi di Santo Domingo cedette una porzione del suo territorio a vantaggio dell'erezione della diocesi del Venezuela con sede a Coro, oggi arcidiocesi di Caracas.
Nel 1795 in forza del Trattato di Basilea tutta l'isola di Hispaniola fu ceduta dalla Spagna alla Francia. Come conseguenza, il 24 novembre 1803 tutte le diocesi suffraganee (Santiago di Cuba, San Cristóbal de la Habana, San Juan di Porto Rico, Caracas e Guayana), furono sottratte alla giurisdizione metropolitica di Santo Domingo e rese suffraganee di Santiago di Cuba e di Caracas, elevate a sedi metropolitane.[6]
Dopo il 1798 l'arcidiocesi non ebbe più vescovi per una ventina d'anni per la rottura delle relazioni diplomatiche tra Santa Sede e governo francese; in questo stesso periodo fu nominato un vescovo costituzionale, Guillaume Mauviel, non riconosciuto da Roma.[7]
Il 28 novembre 1816papa Pio VII con la bolla Divini praeceptis restituì all'arcidiocesi di Santo Domingo una sola suffraganea, la diocesi di San Juan di Porto Rico, confermò ufficialmente all'arcivescovo il titolo di "Primate delle Indie".[8] L'arcidiocesi comprendeva in quel momento tutta l'isola di Hispaniola.
Il 14 febbraio 1994 la sede di Santiago de los Caballeros è stata elevata al rango di arcidiocesi metropolitana, attribuendole come suffraganee le diocesi di La Vega, di San Francisco de Macorís e di Mao-Monte Christi, erette nel 1978.
^Alberto de la Hera Pérez-Cuesta, Las primeras diócesis americanas, in «Memoria del X Congreso del Instituto Internacional de Historia del Derecho Indiano», 1995, pp. 587-602.
^(ES) Roberto María Tisnés Jiménez, Alejandro Geraldini: primer obispo residente de Santo Domingo en la Española: amigo y defensor de Colón, Santo Domingo, 1987.
^Morì prima di ricevere la consacrazione episcopale.
^abMorì durante il viaggio che lo portava nel Nuovo Mondo, senza prendere possesso della sede.
^Vescovo indicato da Catholic Hierarchy, ma ignoto a Konrad Eubel nella sua Hierarchia catholica. Vedi anche Alonso Carrillo, Discorsi apologetici, 1658, p. 24 v.
(LA) Illius fulciti praesidio, in Fidel Fita Colomé, Primeros años del episcopado en América, «Boletín de la Real Academia de la Historia», tomo 20 (1892), pp. 267–270
(ES) Romanus pontifex, in Fidel Fita Colomé, Primeros años del episcopado en América, «Boletín de la Real Academia de la Historia», tomo 20 (1892), pp. 295–299 (traduzione spagnola)
(LA) Bolla Divini praeceptis, in Bullarii romani continuatio, vol. XIV, Romae, 1849, pp. 253–255