Nel 1858, Kerner fu nominato professore di Botanica all'Istituto Politecnico di Buda e, nel 1860, professore di Storia naturale all'Università di Innsbruck.
Kerner fu particolarmente attivo nei settori della Fitogeografia e della Fitosociologia.
Egli affermò: "… e passano anni fino a che una seconda generazione [di piante] possa svilupparsi più forte e più rigogliosa sul suolo preparato; ma senza riposo lavora il regno delle piante e prosegue con la costruzione del suo edificio verde; sui cadaveri di radici morte, forme di piante nuove, più giovani, germinano e così procede in un cambiamento instancabile fintantoché, alla fine, le ombrose cime degli alberi di un'alta foresta mormorano sopra un suolo ricco di humus"[1].
Nel 1867, completò la pubblicazione dei risultati dei suoi studi riguardanti i limiti di vegetazione per oltre un migliaio di specie di piante.
Opere principali
Das Pflanzenleben der Donauländer, Innsbruck, 1863 (nella traduzione in inglese: The Background of Plant Ecology, effettuata da Henry S. Conard, 1951). Questo volume fu alla base della sua notorietà e riporta le sue esplorazioni botaniche in Ungheria.
Die Kultur der Alpenflanzen, 1864. Tratta della coltivazione delle piante alpine.
Die botanischen Gärten, 1874. Vi si delinea un giardino botanico modello.
Vegetationsverhältnisse des mittlern und östlichen Ungarn und Siebenbürgen, Innsbruck, 1875.
Fritz Knoll, Anton Kerner von Marilaun, ein Erforscher des Pflanzenlebens, in: Oesterreichische Naturforscher und Techniker, Verlag der Österreichischen Akademie der Wissenschaften, Vienna, 1950, pagg. 216.
Maria Petz-Grabenbauer, Michael Kiehn, Anton Kerner von Marilaun, Verlag der Österreichischen Akademie der Wissenschaften, Vienna, 2004, ISBN 3-7001-3302-2.
"Kerner, Anton", in: New International Encyclopedia, 1905.
Maria Petz-Grabenbauer, Michael Kiehn, Anton Kerner von Marilaun, 2004. Un nuovo libro su Anton Kerner von Marilaun pubblicato dall'Accademia delle Scienze austriaca (in tedesco).