1 A felnőtt klubokban játszott mérkőzések és gólok csak a bajnoki mérkőzések adatait tartalmazzák. Utolsó elszámolt mérkőzés dátuma: 2023. április 30. 2 Utolsó elszámolt válogatott mérkőzés dátuma: 2016. november 11.
Trajkovski pályafutása elején a Kovinar Maribor utánpótlás csapataiban játszott, innen került 2012-ben az NK Mariborhoz. A szlovén élvonalban 2011. július 16-án mutatkozott be, kezdőként végigjátszotta a Gorica ellen 2-1-re megnyert bajnokit.[2] Első idényében összesen tizenöt bajnokin kapott lehetőséget, és bár a következő években három bajnoki címet és két kupát nyert a Mariborral, egyre kevesebb játékidőt kapott, így 2015 januárjában a Domžale csapatához szerződött, ahol 2018 májusáig írt alá.[3][4] Itt újból alapember lett, majd a 2016-17-es idény előtt kölcsönbe a holland Twentéhez került, akik miután első fél szezonjában elégedettek voltak a játékával, 2017 nyarán végleg megvásárolták a játékjogát.[5][6] 2018 január 22-én a Puskás Akadémia igazolta le.[7][8] Miután 2019 nyarán távozott a felcsúti csapattól, másfél évig nem volt klubcsapata, majd 2021 februárjában a szlovák élvonalbeli Spartak Trnavához írt alá másfél éves szerződést.[9]
↑Trnava, FC Spartak: Šancu dostane aj Trajkovski (szlovák nyelven). FC Spartak Trnava . [2021. február 2-i dátummal az eredetiből archiválva]. (Hozzáférés: 2021. február 1.)