Nevét először 1284-ben említette oklevél, 1287-ben kapott városi jogot. 1289-ben már jelentős híd vezetett át itt a Weser folyón, amely létrehozta a kapcsolatot Hameln-Paderborn és Einbeck-Frankfurt am Main között. 1340 körül épültek a városfalak és tornyok.
Statius von Münchhausen (1555–1633) a nagy vagyonnal rendelkező ezredes-zsoldosvezér, Hilmar von Münchhausen (1512–1573) fia kastélyt építtetett itt, azonban elsősorban a fontos beverni és leitzkaui kastélyaiban élt, de egy ehhez hasonló hivatalos rezidenciát Bolzumban is építtetett.
1810 és 1813 között a város a Vesztfáliai Királysághoz és Bodenwerder kerület Rinteln kantonhoz tartozott.
1935-ben a város megvásárolta Münchhausen báró kastélyát, és azóta is városházaként használja. Egy emlékszobát is berendeztek itt a város leghíresebb fiának.
Bodenwerder akkoriban a Hannoveri Elektorházhoz tartozott (1814-től Hannover Királyságában). Hannover 1866-os odacsatolásával Bodenwerder is Nyugat-Poroszországhoz került.
Nevezetességei
Városháza (Rathaus) – Münchhausen szülőháza volt, amelyben külön szoba őrzi emlékét.
Karl Friedrich Hieronymus von Münchhausen (1720–1797), Münchhausen báró – A nemes lovag 1738-tól több éven át állt az orosz cári udvar szolgálatában, majd onnan visszatérve írta meg kalandos történeteit, amelyek 1785-ben jelentek meg Londonban "Baron Münchhausens Narrative of his Marvellous Travels and Campaings in Russia" (Münchhausen báró leírásai oroszországi utazásairól és haditevékenységéről) címmel.
Julius Scharlach (1842–1908) ügyvéd és gyarmati vállalkozó
Hermann August von Münchhausen (1856–1922), földtulajdonos és lótenyésztő
Wilhelm Beye (1881–1960), mezőgazdasági termelő, politikus (DVP)
Ernst Katzenstein (1897–1989), ügyvéd
Erich Hansmann (1920–1989), német politikus (SPD), az Alsó-Szászországi Landtag tagja 1959-1965
Willi Waike (szül. 1938), német politikus (SPD), az Alsó-Szászországi Országgyűlés tagja 1982–1994, Alsó-Szászország pénzügyminisztere 1996–1998
Friedrich Buttler (* 1941), közgazdász
Jonatan Briel (1942–1988), filmrendező és forgatókönyvíró 1962-ben alapította a Holzminden ifjúsági filmstúdiót
Klaus Ritterbusch (* 1947), festő és fényképész
Wolfgang-Uwe Friedrich (* 1952), a Hildesheimi Egyetem elnöke