Az állomás építése 2007-ben kezdődött, és az alagutak építése 2009. június 25-én fejeződtek be. Az állomást 2010. március 30-án adták át a Deutsche Bahnnak, és 2011. június 7.-ig villamosították.[1][2] 285 millió eurós fix árat vállaltak a közbeszerzők, bár a tényleges építési költség jóval ez alatt maradt.[3] Amíg maga a repülőtér nem üzemelt, addig üres vonatok közlekedtek az alagutakon keresztül, hogy páramentesítsék az alagutat.[4] A DB végül beperelte a repülőteret a kihasználatlan állomás miatti károkért. Az állomást 2020. október 26-án,[5] néhány nappal a repülőtér megnyitása előtt adták át a menetrendszerű utasforgalomnak.
Az állomást a berlini S-Bahn, Regional-Express és InterCity járatok szolgálják ki. Az állomás közvetlenül a repülőtéri terminál alatt fekszik, és hat peronja van. Ezek közül kettő az S-Bahn S45 és S9 vonalak végállomása.[6] A repülőteret a berlini főpályaudvarral az RE 9 Airport Express (FEX) köti össze, 29 perces menetidővel, ezen kívül vannak valamivel lassabb regionális és elővárosi járatok is. A Berlin-Drezda-vasútvonal korszerűsítései valamikor a 2020-as évek második felében gyorsabb és gyakoribb RE és IC járatokat tesz majd lehetővé a jövőben.
Az 5. terminál bezárása miatt az állomást 2023 decemberében átnevezték Flughafen BER pályaudvarra, tükrözve, hogy mostantól ez az egyetlen állomás, amely a repülőteret kiszolgálja.[7]