1914-ben értelmiségi családban született, apja, Bálint Aladár a Nyugat ismert képzőművészeti kritikusa volt, nagybátyja Osvát Ernő. (Nővére, Bálint Klára Szerb Antal író és irodalomtörténész felesége lett 1938-ban.) Fia Bálint István költő, színész, rendező.
16 éves korában felvették a Magyar Királyi Iparművészeti Iskolagrafikai osztályába, reklámgrafika szakra, de hamarosan kiderült, hogy a festészet iránt is erősen vonzódik. Húszéves korában három hónapra Párizsba utazott, az ott megismert modern festészet kötelezte el későbbi pályáján.
Hazatérése után, 1935-ben Vaszary János magániskolájában megismerkedett Vajda Lajossal, akivel hamar emberi-művészi barátságot kötött. 1936-ban Aba-Novák Vilmos magániskolájában tanult. Szentendrén Vajda Lajos és Korniss Dezső köré sok fiatal festő tartozott 1937-től 1940-ig, köztük volt Bálint Endre is. 1936-ban megbetegszik tüdőbajban. 1938-ban rendezik meg első gyűjteményes kiállítását a Tamás Galériában. Ettől kezdve a modern magyar művészet fejlődésével foglalkozó kritika figyelmének középpontjában állt, főként a jelentékeny műtörténész és -kritikus, Kállai Ernő becsüli sokra, aki 1939-1942-ben a Népszava rendszeres műkritikusa.
1945-ben az Európai Iskola nevű művészcsoport egyik alapító tagja, 1948-ig évente gyűjteményes kiállításon szerepel. 1947-ben hosszabb időt tölt Párizsban, megismeri André Bretont, és részt vesz a Nemzetközi Szürrealista Világkiállításon. Idehaza 1956-ig nem rendezhetett kiállítást, a tiltott kategóriába került.
1957 és 1962 között Párizsban élt. Itt készültek híressé vált Biblia-illusztrációi. 1962 után Magyarországon fokozatosan átkerült a tűrt kategóriából a támogatottba. Számos kiállításon vett részt képeivel külföldön, majd itthon is. Élete utolsó évtizedében minden lehetséges kitüntetést megkapott, halála előtt a Kossuth-díjat is. 1986-ban tüdőbajban halt meg, hosszú betegeskedés után, még alkotóereje teljében.
Legutóbb 2007-ben rendezett műveiből emlékkiállítást a budapesti Home Galéria.
Szabadi Judit: Bálint Endre (Bp., Corvina Kiadó, 1969)
Román József: Bálint Endre (Bp. Képzőművészeti Kiadó, 1980)
Bálint Endre emlékkiállítás. 1986. október 1-től december 31-ig; kiállításrend. Ury Ibolya, szerk. Méry Éva, Művészetek Háza, Szekszárd, 1986 (A szekszárdi Művészetek Háza kiállításai)
Bálint Endre, Vajda Júlia, Vajda Lajos. A kiállítás a Budapest Kiállítóteremben az Erdész Galéria szervezésében 2004. augusztus 29–szeptember 12. között került megrendezésre; Artchívum, Bp., 2004
Román József: Bálint Endre és az "oppozíció"; CEU Press, Bp., 2004
Kolozsváry Marianna: Bálint Endre; Kossuth–MNG, Bp., 2015 (A magyar festészet mesterei)
A nyolcadik templom. Magyar Nemzeti Galéria, 2014. február 1–2014. május 11.; kurátor Kolozsváry Marianna; Szépművészeti Múzeum–MNG, Bp., 2014
Endre Bálint: The eighth temple. Hungarian National Gallery, 1 February–11 May; curator Kolozsváry Marianna; Museum of Fine Arts–Hungarian National Gallery, Bp., 2014 (Publications by the Hungarian National Gallery)
Kozák Gyula: A szabadság kicsiny szigete. Művészsorsok a 20. században. Bálint Endre, Jakovits József, Vajda Júlia; Balassi, Bp., 2015
