Yonathan Eugenio est originaire d'Urdaneta, une municipalité située dans l'État vénézuélien du Trujillo. Il vit toutefois en Colombie depuis un certain nombre d'années[1],[2]. Dans son pays d'adoption, il se fait remarquer lors de la saison 2021 en décrochant deux tops dix sur des étapes du Tour de Colombie. Il obtient aussi quelques places d'honneur sur des courses du calendrier national.
En 2023, il se classe septième du Tour du Táchira, tout en ayant remporté une étape. C'est sa première victoire acquise sur une compétition inscrite au calendrier de l'UCI[2]. La même année, il s'impose sur une course vénézuélienne disputée autour de Táriba[3]. Il termine également huitième de la Vuelta a Boyacá.