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En 1996, Paquette a dessiné deux mini-séries adaptées de la série télévisée Space: Above and Beyond, écrite par Roy Thomas, pour Topps Comics. L'année suivante, Thomas et lui se sont réunis pour dessiner Xena: Warrior Princess: Year One pour Topps.
En 1997, Paquette a dessiné deux numéros de JLA Secret Files, son premier travail sur la Justice League of America. Il reviendra sur ces personnages en 1998 avec JLA: Tomorrow Woman et "Madmen and Mudbaths", l'une des histoires de l'anthologie JLA 80-Page Giant # 2 de 1999. De 1998 à 1999, Paquette a dessiné neuf numéros de Wonder Woman pour DC Comics.
De 2000 à 2001, Paquette a dessiné dix numéros de Gambit.
Paquette était l'artiste régulier sur Ultimate X-Men de février 2007 à janvier 2008, et pour les cinq premiers numéros de Young X-Men en 2008.
Il a dessiné les cinq premiers numéros de Young X-Men en 2008. Il a ensuite fourni l'art pour Batman: Le retour de Bruce Wayne # 3 (août 2010)[1], et a lancé Batman Incorporated, écrit par Grant Morrison.
En septembre 2011, DC Comics a redémarré toute sa continuité avec 52 nouvelles séries mensuelles dans une initiative appelée The New 52. Parmi les nouveaux titres figurait une série Swamp Thing dont les premiers numéros ont été écrits par Scott Snyder et dessinés par Paquette. Son travail sur la série lui a valu une nomination aux Shuster Awards 2013 du meilleur artiste et du meilleur artiste de couverture[2],[3].