Pagel est né à Berlin, fils du célèbre médecin et historien de la médecine Julius Pagel. Il épouse le Dr Magda Koll en 1920 et avec elle a un fils, Bernard Pagel, en 1930. Pagel obtient son doctorat à Berlin en 1922 et devient professeur à Heidelberg en 1931. La famille déménage en Grande-Bretagne en 1933 par crainte d'être poursuivie en tant que juive. Pagel exerce en tant que pathologiste consultant au Central Middlesex Hospital, Harlesden, dans le Grand Londres de 1939 à 1956, et continue au Clare Hall Hospital, Barnet, Hertfordshire de 1956 à 1967, date à laquelle il prend sa retraite [4]. Après sa retraite, il consacre ses efforts à l'écriture de l'histoire de la médecine.
Les aspects religieux et philosophiques de la science et de la médecine de Van Helmont, Baltimore: The Johns Hopkins Press, 1944.
Paracelse : Une introduction à la médecine philosophique à l'ère de la Renaissance, New York : Karger, 1958 ; 2e. éd. 1982, traductions française et allemande 1962.
Idées biologiques de William Harvey : aspects sélectionnés et contexte historique, New York : Karger, 1967.
Nouvelle lumière sur William Harvey, New York: Karger, 1976.
Joan Baptista van Helmont : Reformer of Science and Medicine, Cambridge : Cambridge University Press, 1982.
The Smiling Spleen: Paracelsianism in Storm and Stress, New York: Karger, 1984.
(en) avec Marianne Winder, Religion and neoplatonism in Renaissance medicine, Variorum Reprints, 1985, 346 p.
Prix
Il reçoit le prix Dexter (1969), la Médaille George-Sarton (1970), la médaille Julius Pagel (1971), le prix Robert Koch (1973) et en 1976 la médaille William H. Welch en plus de devenir membre de l'Académie britannique.