Né à Hildesheim en Allemagne, Timo Hübers est formé par le Hanovre 96. Il joue son premier match en professionnel le , lors d'une rencontre de Bundesliga face au VfB Stuttgart. Il est titularisé en défense centrale et les deux équipes se neutralisent ce jour-là[1].
FC Cologne
Le est annoncé le transfert de Timo Hübers au FC Cologne, qu'il rejoint librement et avec qui il signe un contrat de deux ans[2],[3].
Il joue son premier match sous ses nouvelles couleurs le , lors d'une rencontre de coupe d'Allemagne face au FC Carl Zeiss Iéna. Il est titularisé lors de cette rencontre remportée par son équipe après une séance de tirs au but[4]. Il inscrit son premier but pour Cologne, et dans l'élite du football allemand le 22 janvier 2022, face au VfL Bochum. Il est titularisé ce jour-là et marque le but égalisateur du 1-1, et les deux équipes se neutralisent (2-2 score final)[5],[6].
Le , Timo Hübers prolonge son contrat avec le FC Cologne de trois années supplémentaires, soit jusqu'en juin 2026[7].