Terri Attwood

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T. K. Attwood
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Teresa K. Attwood est professeure de Bio-informatique au Département d'informatique et à l'École des sciences biologiques de l'Université de Manchester et chercheuse invitée à l'Institut européen de bio-informatique. Elle est titulaire d'une Bourse de recherche universitaire de la Royal Society à l'University College de Londres de 1993 à 1999 et à l'Université de Manchester de 1999 à 2002[1].

Éducation

Attwood obtient son baccalauréat ès sciences en biophysique de l'Université de Leeds en 1982. Elle obtient un doctorat, également en biophysique, deux ans plus tard, en 1984 sous la direction de John E. Lydon [2] étudiant les mésophases chromoniques.

Recherche et carrière

Attwood entreprend des recherches postdoctorales à Leeds jusqu'en 1993, date à laquelle elle part à l'University College de Londres[3] pendant cinq ans avant de partir à l'Université de Manchester en 1999. Ses recherches portent sur l'Alignement de séquences protéiques et l'analyse des protéines.

Inspiré par la création de PROSITE, Attwood développe une méthode d'empreinte protéique et l'utilise pour établir la base de données PRINTS[4],[5],[6]. Avec Amos Bairoch (en), elle cherche à unifier les travaux sur la classification et l'annotation des familles de protéines, obtenant finalement conjointement une subvention de l'Union européenne avec Rolf Apweiler pour établir InterPro[7],[8] avec Pfam, ProDom et Swiss-Prot/TrEMBL en tant que partenaires du consortium en 1997[9].

Attwood dirige des projets majeurs, notamment le consortium d'exploration de texte BioMinT FP5[10] le consortium d'enseignement de la bioinformatique EMBER[11] (notamment l'EBI et l'Institut suisse de bioinformatique en tant que partenaires) et la plate-forme EPSRC PARADIGM[12]. Elle est l'investigatrice principale de Manchester sur les projets SeqAhead (réseau d'analyse de données de séquençage de nouvelle génération)[13] et AllBio (infrastructure bioinformatique pour les sciences unicellulaires, animales et végétales)[14] et a également été PI de Manchester sur EMBRACE [15] et EuroKUP (protéomique rénale et urinaire)[16]. Attwood est membre du comité de stratégie de formation en bioinformatique d'ELIXIR (groupe de travail 11) [17] pendant la phase préparatoire d'ELIXIR. Elle est maintenant présidente du réseau mondial de bioinformatique EMBnet, membre du conseil d'administration de l'International Society for Computational Biology. En 2012, elle dirige la création d'un GOBLET (Organisation mondiale pour l'apprentissage, l'éducation et la formation en bioinformatique), avec les principales sociétés, réseaux et organisations de bioinformatique, de biologie computationnelle et de biocuration comme partenaires. Depuis2016, Attwood est présidente du conseil d'administration de GOBLET[18],[19].

En plus d'être bioconservatrice [9],[20], elle co-développe des outils pour aligner et visualiser des séquences et des structures de protéines, notamment Ambrosia et CINEMA[21],[22]. Le groupe construit des composants logiciels réutilisables pour créer des applications bioinformatiques utiles via UTOPIA (outils bioinformatiques)[23],[24] et développe de nouvelles approches pour l'annotation automatique et l'exploration de texte, comme PRECIS[25], METIS[26], BioIE[27], et les approches sémantiques de l'intégration de données[28], comme le Semantic Biochemical Journal [29] publié par Portland Press.

Attwood enseigne en premier cycle et en troisième cycle et est conseiller doctoral ou co-superviseur de plusieurs doctorants (par exemple, Manuel Corpas). Attwood est co-auteur de plusieurs chapitres de livres et de trois manuels de bioinformatique populaires : Introduction to Bioinformatics [30] et Bioinformatics and Molecular Evolution[31]. Attwood est co-auteur du manuel de Bio-informatique Bioinformatics Challenges at the Interface of Biology and Computer Science: Mind the Gap[32] avec Steve Pettifer et Dave Thorne.

Attwood est titulaire d'une Bourse de recherche universitaire de la Royal Society (URF) de 1993 à 2002[1].

Références

  1. ↑ a et b Anon, « Teresa Attwood Professor of Bioinformatics » [archive du ], manchester.ac.uk, Manchester,
  2. ↑ Attwood et Lydon, « Lyotropic Mesophase Formation by Anti-Asthmatic Drugs », Molecular Crystals and Liquid Crystals, vol. 108, nos 3–4,‎ , p. 349 (DOI 10.1080/00268948408078686)
  3. ↑ « Teresa K Attwood », biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser
  4. ↑ Attwood, Coletta, Muirhead et Pavlopoulou, « The PRINTS database: A fine-grained protein sequence annotation and analysis resource--its status in 2012 », Database, vol. 2012,‎ , bas019 (PMID 22508994, PMCID 3326521, DOI 10.1093/database/bas019)
  5. ↑ Attwood, Croning, Flower et Lewis, « PRINTS-S: The database formerly known as PRINTS », Nucleic Acids Research, vol. 28, no 1,‎ , p. 225–227 (PMID 10592232, PMCID 102408, DOI 10.1093/nar/28.1.225)
  6. ↑ Attwood, Bradley, Flower et Gaulton, « PRINTS and its automatic supplement, prePRINTS », Nucleic Acids Research, vol. 31, no 1,‎ , p. 400–402 (PMID 12520033, PMCID 165477, DOI 10.1093/nar/gkg030)
  7. ↑ Apweiler, Attwood, Bairoch et Bateman, « The InterPro database, an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites », Nucleic Acids Research, vol. 29, no 1,‎ , p. 37–40 (PMID 11125043, PMCID 29841, DOI 10.1093/nar/29.1.37)
  8. ↑ Apweiler, Attwood, Bairoch et Bateman, « InterPro--an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites », Bioinformatics, vol. 16, no 12,‎ , p. 1145–1150 (PMID 11159333, DOI 10.1093/bioinformatics/16.12.1145)
  9. ↑ a et b http://www.biocurator.org/elec/candidates2011/Attwood.pdf Attwood biography from biocurator.org
  10. ↑ « BioMinT: Biological Text Mining EU FP5 Quality of Life Project » [archive du ]
  11. ↑ « EMBER - European Multimedia Bioinformatics Educational Resource », www.bioinf.man.ac.uk
  12. ↑ « Platform grant: PARADIGM - Platform for Annotation, Robust Analysis, Data Integration & Genome Management » (consulté le )
  13. ↑ « COST Action: NGS-Data Analysis Network » (consulté le )
  14. ↑ « start – AllBio » [archive du ]
  15. ↑ Pettifer, Ison, Kalas et Thorne, « The EMBRACE web service collection », Nucleic Acids Research, vol. 38, no Web Server issue,‎ , W683–W688 (PMID 20462862, PMCID 2896104, DOI 10.1093/nar/gkq297)
  16. ↑ « European Kidney and Urine Proteomics | Eurokup » (consulté le )
  17. ↑ « Welcome to ELIXIR » (consulté le )
  18. ↑ « Committees | GOBLET », www.mygoblet.org (consulté le )
  19. ↑ Corpas, Jimenez, Bongcam-Rudloff et Budd, « The GOBLET training portal: a global repository of bioinformatics training materials, courses and trainers », Bioinformatics, vol. 31, no 1,‎ , p. 140–142 (PMID 25189782, PMCID 4271145, DOI 10.1093/bioinformatics/btu601)
  20. ↑ Burge, Attwood, Bateman et Berardini, « Biocurators and Biocuration: Surveying the 21st century challenges », Database, vol. 2012,‎ , bar059 (PMID 22434828, PMCID 3308150, DOI 10.1093/database/bar059)
  21. ↑ Lord, Selley et Attwood, « CINEMA-MX: A modular multiple alignment editor », Bioinformatics, vol. 18, no 10,‎ , p. 1402–1403 (PMID 12376388, DOI 10.1093/bioinformatics/18.10.1402)
  22. ↑ Parry-Smith, Payne, Michie et Attwood, « CINEMA—a novel Colour INteractive Editor for Multiple Alignments », Gene, vol. 221, no 1,‎ , GC57–GC63 (PMID 9852962, DOI 10.1016/S0378-1119(97)00650-1)
  23. ↑ Attwood, Kell, McDermott et Marsh, « Utopia documents: Linking scholarly literature with research data », Bioinformatics, vol. 26, no 18,‎ , i568–i574 (PMID 20823323, PMCID 2935404, DOI 10.1093/bioinformatics/btq383)
  24. ↑ Pettifer, Sinnott et Attwood, « UTOPIA—User-Friendly Tools for Operating Informatics Applications », Comparative and Functional Genomics, vol. 5, no 1,‎ , p. 56–60 (PMID 18629035, PMCID 2447318, DOI 10.1002/cfg.359)
  25. ↑ Mitchell, Reich et Attwood, « PRECIS: Protein reports engineered from concise information in SWISS-PROT », Bioinformatics, vol. 19, no 13,‎ , p. 1664–1671 (PMID 12967963, DOI 10.1093/bioinformatics/btg204)
  26. ↑ Mitchell, Divoli, Kim et Hilario, « METIS: Multiple extraction techniques for informative sentences », Bioinformatics, vol. 21, no 22,‎ , p. 4196–4197 (PMID 16159915, DOI 10.1093/bioinformatics/bti675)
  27. ↑ Divoli et Attwood, « BioIE: Extracting informative sentences from the biomedical literature », Bioinformatics, vol. 21, no 9,‎ , p. 2138–2139 (PMID 15691860, DOI 10.1093/bioinformatics/bti296)
  28. ↑ Pettifer, Thorne, McDermott et Marsh, « Visualising biological data: A semantic approach to tool and database integration », BMC Bioinformatics, vol. 10,‎ , S19 (PMID 19534744, PMCID 2697642, DOI 10.1186/1471-2105-10-S6-S19)
  29. ↑ Attwood, Kell, McDermott et Marsh, « Calling International Rescue: Knowledge lost in literature and data landslide! », Biochemical Journal, vol. 424, no 3,‎ , p. 317–333 (PMID 19929850, PMCID 2805925, DOI 10.1042/BJ20091474)
  30. ↑ Parry-Smith, David J. et Attwood, Teresa K., Introduction to bioinformatics, New York, Longman, (ISBN 978-0-582-32788-7)
  31. ↑ Attwood, Teresa K. et Higgs, Paul, Bioinformatics And Molecular Evolution, Cambridge, Massachusetts, Blackwell Publishers, (ISBN 978-1-4051-0683-2)
  32. ↑ Teresa K. Attwood, Stephen Robert Pettifer et David Thorne, Bioinformatics Challenges at the Interface of Biology and Computer Science: Mind the Gap, Chichester, West Sussex ; Hoboken, New Jersey, Wiley-Blackwell, , 424 p. (ISBN 9780470035481, OCLC 951190363, lire en ligne)

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