[Chapitres 311-312] — Naruto fait un drôle de cauchemar, où il voit un temple se faire détruire par un monstre sanguinaire. Sakura surprend Saï à la bibliothèque, en train de lire des livres sur les relations humaines. Ils rejoignent plus tard Naruto, pour rendre visite à Kakashi à l'hôpital. Au courant des progrès de Sasuke, le jõnin a concocté un entraînement spécialement conçu pour Naruto, afin de l'aider à développer une technique plus puissante que l'«Orbe tourbillonnant». L'équipe de Kakashi est invitée au restaurant par Asuma, et Saï fait connaissance avec Chôji et Ino. Pendant ce temps, quatre mystérieux ninjas pillent des tombes cachées...
Note : cet épisode débute l'arc de l'entraînement de Naruto au changement de nature du chakra ; il introduit également l'arc filler de Sora.
[Chapitres 314 à 316] — Rétabli, Kakashi prend l'entraînement de Naruto en main, avec l'assistance de Yamato. Le jeune ninja maîtrise déjà la modification de forme de son chakra, et découvre l'élement avec lequel il a une affinité : le Vent. Le jõnin lui apprend que le moyen le plus rapide pour écourter l'entraînement avec le «Multi-clonage». Ils créent tous deux un clone, afin que Naruto prenne conscience de l'expérience vécue par ses doubles et enregistre l'information dans sa mémoire. Il lui fait ensuite passer un exercice difficile : couper une feuille d'arbre avec son chakra.
L'équipe Kakashi part en mission au Temple du Feu afin de trouver qui sont les pilleurs de tombe. Naruto rencontre un garçon nommé Sora, au passé apparemment sombre, qui manipule très bien le fūton.
L'équipe Kakashi est séparée et ses membres affrontent séparément les présumés pilleurs de tombe qui sont en réalité à la recherche de Sora. Saï et Sakura arrivent finalement à se retrouver et Naruto affronte une femme capable de manipuler les 5 éléments.
Furîdo, Fuka, Fuen et Fudo attaquent Konoha. Fuen invoque un bouclier afin qu'aucun villageois ou ninja de Konoha ne puisse fuir. Fudo invoque des morts-vivants, le clan Kohaku...
Konoha se voit en état d'alerte niveau 1 : 4 des 12 protecteurs du seigneur féodal du Pays du Feu sont ressuscités et menacent d'utiliser une technique de foudre très puissante pouvant détruire le village.
La vérité sur les pouvoirs de Sora est dévoilée : son corps renferme une rémanence du chakra de Kyûbi. Sora se met alors en colère et fait sortir son pouvoir.
[Chapitre 312 + filler] — Naruto réussit à raisonner Sora et leur combat prend fin. Pendant que Konoha se reconstruit, deux membres d'Akatsuki, Hidan et Kakuzu, font leur apparition.
[Chapitres 314 à 318] — Hidan et Kakuzu attaquent le Temple du Feu, et tuent Chiriku, un ami d'Asuma et ancien gardien. Le Temple est détruit, et le corps de Chiriku est emmené pour être échangé contre une prime.
[Chapitres 318-319] — Pendant ce temps, les 20 nouvelles sections formées par le 5e Hokage sont envoyées pour attraper les dangereux membres de l'Akatsuki.
[Chapitres 320-321] — L'équipe Asuma se met en route, et lors de la visite du Temple détruit, Asuma apprend que l'Akatsuki s'est mise en route vers un point d'échange.
[Chapitres 322-323] — Le combat de l'Akatsuki contre l'équipe Asuma commence. Hidan dévoile son secret : son immortalité.
Notes
Épisodes doubles
↑Les épisodes 53 et 54 ont été diffusés sous la forme d'un double-épisode avec comme titre Konoha bourgeonne ! - NARUTO Shippuden spécial(木ノ葉芽吹く！ＮＡＲＵＴＯ疾風伝スペシャル, Konoha mefuku ! — NARUTO Shippūden special?)
↑ a et bLes épisodes 57 et 58 ont été diffusés sous la forme d'un double-épisode avec comme titre La griffe qui déchire les ténèbres ! À travers souffle un vent puissant - NARUTO Shippuden spécial(闇を裂く鉤爪！烈風吹き抜けるＮＡＲＵＴＯ疾風伝スペシャル, Yami o saku kō tsume! Reppū fukinukeru — NARUTO Shippūden special?)
↑ a et bLes épisodes 64 et 65 ont été diffusés sous la forme d'un double-épisode avec comme titre Konoha, dans un piège sans faille ! Alerte maximale - NARUTO Shippuden spécial(木ノ葉、完全閉鎖！厳戒態勢のＮＡＲＵＴＯ疾風伝スペシャル, Konoha, kanzen heisa! Genkai taisen no NARUTO Shippūden special?)
↑ a et bLes épisodes 68 et 69 ont été diffusés sous la forme d'un double-épisode avec comme titre Chakra rouge ! Destruction et conduite insouciante - NARUTO Shippuden spécial(赤きチャクラ！破壊と暴走のＮＡＲＵＴＯ疾風伝スペシャル, Akaki chakra! hakai to bōsō no NARUTO Shippūden special?)
↑ a et bLes épisodes 76 et 77 ont été diffusés sous la forme d'un double-épisode avec comme titre Le Grand Choc ! Akatsuki contre le plan de bataille de l'équipe d'Asuma - NARUTO Shippuden spécial(大激突！暁VSアスマ班決戦のＮＡＲＵＴＯ疾風伝スペシャル, Dai gekikotsu! Akatsuki tai Asuma han kessen no NARUTO Shippūden special?)
Traduction
↑Le Bôgin est une stratégie au Shōgi, qu'on peut traduire littéralement par « escalade argentée ». Elle consiste à sacrifier une pièce importante (le « Général Argent ») pour créer un trou dans la défense adverse.
