Pour cette saison 2007-2008, la JSK est encore en lutte pour le titre lorsqu'elle commence la compétition en Ligue des champions, le . Elle commencera la compétition, au deuxième tour cette fois-ci, l'équivalent des seizièmes de finale. En effet elle sera exempt de premier tour, en raison de ses bons résultats lors des éditions précédentes, malgré son statut de dauphin du champion d'Algérie, l' ES Sétif. Pour son premier match elle sera opposée à la formation ghanéenne de l'Ashanti Gold SC.
Malgré son statut de "vice-champion d'Algérie" en titre, et de "quart de finaliste" de l'édition précédente, la JSK dispute donc son douzième seizième de finale de son histoire, pour sa quatrième participation consécutive. C'est la dixième fois de son histoire que le club entame la C1 par le stade des seizièmes de finale de la compétition, mais la deuxième fois seulement dans le format "Ligue des Champions". Il s'agit également de sa douzième participation à cette prestigieuse compétition, mais dix-huitième toutes compétitions africaines confondues.
Après avoir vaincu le club ghanéen de l'Ashanti Gold SC en seizième de finale, la JSK est finalement battue en huitième de finale face à la redoutable formation camerounaise du Cotonsport Garoua. Elle conclut cette première phase en s'inclinant face aux camerounais sur le score de trois buts à zéro, à l'aller au Cameroun, malgré une victoire deux buts à un au retour, à domicile. La JSK ne se qualifie donc pas pour la phase de poule des quarts de finale de la compétition, mais sera reversée dans la seconde compétition africaine des clubs, la "Coupe de la Confédération".
C'est la quatrième fois de son histoire que la JSK s'arrête en huitième de finale de la C1, mais la première fois dans le nouveau système "Ligue des Champions".
Durant la saison 2008-2009, la JSK champion d'Algérie en titre, participera à la première édition de la coupe Nord-Africaine des clubs champions. Elle s'inclinera en demi-finale face au club marocain du nom de FAR de Rabat; et terminera troisième ex æquo en compagnie du club libyen Al Ahly Tripoli après avoir fait match nul contre celui-ci.
Une polémique a eu lieu concernant ce match de classement. Au terme de la rencontre, alors que l'arbitre et les joueurs libyens se préparaient pour la séance de tirs au but, la JSK refusa de jouer la séance de pénalty estimant qu'avec ce but marqué à l'extérieur, il comptait double et donc celle-ci devait logiquement remporter le match. Néanmoins cette règle n'est possible que sur des matchs aller et retour, or il n'y eut qu'un seul match.
Ce match de classement posa un gros problème, car chacune des deux équipes n'avait pas tort, et la prime allouée au troisième est plus importante que celle allouée au quatrième. Il fut cependant décidé que ce match sans vainqueur et sans moyen de les départager serait considéré comme étant nul, entrainant les deux équipes de cette première édition à la troisième place du classement ex-æquo.
Sur deux participations en coupe régionale pour le moment, la JS Kabylie a fini au mieux à la deuxième place, au pire à la troisième place de cette compétition.
