En quart de finale, les Madrilènes croisent la route de l'AS Monaco du néo-entraîneur Didier Deschamps. L'ex-coéquipier de Zidane remporte la bataille tactique au match retour à Monaco, où la performance de Fernando Morientes (prêté par le Real) élimine son club formateur.
Portée vers l'offensive, l'équipe souffre surtout de l'absence de son récupérateur Claude Makélélé, parti à Chelsea.
À la suite de cette élimination surprise en coupe d'Europe, le club s'effondre en Liga, totalisant une terrible série de cinq défaites, lors des cinq dernières journées de championnat. Valence est sacré avec sept points d'avance.
En finale de la coupe du Roi, Saragosse l'emporte lors des prolongations (2-3).
Cette fin de saison désastreuse entraîne le limogeage de l'entraîneur.
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