Né à Saint-Trond en Belgique, Robert-Jan Vanwesemael est notamment formé par le SK Meldert, le KRC Genk avant de poursuivre sa formation au Saint-Trond VV[2]. C'est avec ce club qu'il fait ses débuts en professionnel, jouant son premier match le , lors d'une rencontre de coupe face aux Francs Borains. Il entre en jeu à la place de Rihito Yamamoto. Son équipe s'impose trois buts à zéro après les prolongations[3],[4].
À la suite du départ de Daiki Hashioka pour Luton Town fin [5], il s'impose en équipe première, devenant un joueur régulier du onze de départ[6]. Il est récompensé en par une prolongation de contrat avec les Canaris. Il est alors lié au club jusqu'en [7].
↑(nl) « Met Robert-Jan Vanwesemael op bezoek in zijn thuishaven: “Ik voel me op en top Meldertenaar” », Het Belang van Limburg, (lire en ligne, consulté le )
↑(nl) « STVV pas na verlengingen voorbij Francs Borains, met dank aan de invallers », Het Nieuwsblad, (lire en ligne, consulté le )
↑(nl) « Robert-Jan Vanwesemael en STVV willen zondag opnieuw lef tonen op de Bosuil: “Laten zien wat we waard zijn” », Het Laatste Nieuws, (lire en ligne, consulté le )