(à partir de l'embouchure) ruisseau Beaudet, ruisseau Bernier, ruisseau de l'Ours, ruisseau Grégoire, ruisseau Parent, Bras d'Edmond, ruisseau Marion, Bras de Marie, rivière aux Chevreuils, cours d'eau Bouchard, cours d'eau Béland, ruisseau Moffet, rivière Saint-Georges
· Rive droite
(à partir de l'embouchure) ruisseau des Gagnon, ruisseau du Petit Saint-Charles, ruisseau Pilote, rivière du Bois Clair, rivière Huron, rivière Henri, ruisseau Lambert, ruisseau Bergeron, ruisseau Mongrain
0,6 km vers l'ouest, dans la municipalité de Saint-Janvier-de-Joly ;
1,7 km vers l'ouest, dans la municipalité de Lyster, jusqu'à la confluence de la rivière aux Chevreuils ;
0,9 km vers l'ouest, jusqu'à une route ;
3,8 km vers l'ouest, jusqu'au pont routier du village de Val-Alain ;
4,6 km (ou 2,8 km en ligne directe) vers le nord-ouest, jusqu'au pont de l'autoroute 20 ;
6,4 km (ou 4,0 km en ligne directe) vers le nord, jusqu'à la limite entre les municipalités de Val-Alain et de Leclercville ;
7,4 km (ou 3,2 km en ligne directe) vers le nord-est, en serpentant jusqu'à la confluence de la rivière Henri, soit le lieu-dit "Les Trois-Fourches".
Cours inférieur de la rivière (segment de 25,5 km)
À partir de la confluence avec la rivière Henri située dans Leclercville, la rivière du Chêne coule sur :
7,5 km (ou 4,4 km en ligne directe) vers le nord-ouest, en passant au lieu-dit Fonds de Badoche et à l'île à Soucy, en serpentant jusqu'à la route 226 ; le dernier 1,3 km de ce segment constitue la limite municipale entre Saint-Édouard-de-Lotbinière et Leclercville ;
16,2 km (ou 7,8 km en ligne directe) vers l'ouest, jusqu'à la limite de la municipalité de village de Leclercville ;
1,4 km vers le nord-ouest, en zigzaguant dans Leclercville jusqu'à la route 132 ;
0,4 km vers le nord-ouest, jusqu'à sa confluence.
La rivière du Chêne se déverse sur les battures du Chêne, sur la rive sud de l'estuaire du Saint-Laurent, au village de Leclercville. Sa conflence est située à la pointe de Leclercville, à l'ouest du centre du village de Lotbinière, à l'est du centre du village de Deschaillons-sur-Saint-Laurent et à l'ouest du village de Saint-Édouard. Elle est aussi localisée à 3,3 km à l'est de la confluence de la Petite rivière du Chêne.
