Il crée en 2006 la fondation Le Petit Chœur pour aider les enfants cardiaques des pays défavorisés[1].
Le , il est élu « Suisse de l'année 2009 » lors de la cérémonie télévisée « SwissAward »[5].
Depuis , il est professeur à l'Université de Lausanne et chef du Service de chirurgie cardio-vasculaire du Centre hospitalier universitaire vaudois (CHUV)[6],[7]. Le professeur Matthias Kirsch a remplacé René Prêtre comme chef de service de chirurgie cardio-vasculaire du Centre hospitalier universitaire vaudois (CHUV) le 1 août 2022[8].
En 2020, il est accusé par le journal Schweiz am Wochenende de fraude scientifique dans une étude publiée en 1998 ; il dément ces accusations[9].
↑ a et bRaphaël Jotterand, « René Prêtre, chirurgien cardiaque: « Annoncer une bonne nouvelle aux parents, c’est la plus belle des récompenses » », Le Temps, (ISSN1423-3967, lire en ligne, consulté le )
↑Martine Clerc, « Le cœur, vous voyez la vie y passer », sur journal.tdg.ch, (consulté le ) : « Au CHUV, j’opérerai une proportion plus grande d’adultes. Mais nous développerons aussi la chirurgie cardiaque pédiatrique. Mon but n’est pas d’opérer absolument 300 enfants par an. Il s’agit de répondre à la demande, pas de la créer. ».