De 1983 à 1986, il a diverses responsabilités à Mont-de-Marsan : il est aumônier du collège-lycée de la Croix Blanche, prêtre coopérateur à la paroisse de la Madeleine ; il participe à des mouvements et services diocésains. Tout en continuant à étudier à l'université pontificale grégorienne où il obtient son doctorat en théologie, mention Summa cum Laude, le .
De 1986 à 1990, le P. Pierre Debergé devient enseignant au séminaire de Dax ; il participe au service diocésain de la formation. Il est aussi étudiant à l’Institut de formation pour l’éducation du clergé durant l’année universitaire 1987-1988. De 1990 à 1995, il est enseignant au séminaire de Bayonne et travaille notamment dans les domaines de la formation et de l’accompagnement des mouvements de laïcs[2].
Depuis , le père Debergé est enseignant à la Faculté de théologie et à l’Institut catholique de Toulouse. Il fait partie de l'équipe d'exégètes ayant participé à la traduction de la bible publiée par Bayard en 2001. Jusqu’en 2004, il participe régulièrement au Service diocésain de formation du diocèse d’Aire et Dax. Entre et , il est doyen de la Faculté de théologie de l'Institut catholique de Toulouse puis devient recteur de l’Institut catholique de Toulouse le [3].
Réflexion biblique et théologique sur le pouvoir à partir de Marc 10, 35-45 : « De la sacralisation à la sacramentalité », Rome, Pontificia universitas gregoriana, 1991
Enquête sur le pouvoir : approche biblique et théologique, Paris, Nouvelle Cité, coll. « Racines », 1997, (traduction)
Saint Paul, Toulouse, Source de Vie, 1998
L’argent dans la Bible : ni pauvre ni riche, Montrouge, Nouvelle Cité, coll. « Racines », 1999
Que sait-on du Nouveau Testament ?, Paris, Bayard, 2000 (traduction)
L'amour et la sexualité dans la Bible, Paris, Nouvelle Cité, coll. « Racines », 2001
« La justice dans le Nouveau Testament », in Cahiers Évangile , 2001
Saint Pierre, Paris, Éditions de l'Atelier ; Éd. Ouvrières, coll. « La Bible tout Simplement », 2003
