Il a été chef du Bloc québécois pendant un an (1996 à 1997), ainsi que chef de l'opposition durant cette même période. Il est leader parlementaire en chambre de 1997 à 2007. Il quitte la vie politique en 2007 et devient animateur d'une émission d'affaires publiques au réseau TQS.
En 1981, il est élu député de Roberval à l'Assemblée nationale du Québec sous la bannière du Parti québécois. Durant son premier mandat, il exerce la fonction d'adjoint parlementaire du ministre des Finances. Il occupe le poste de député jusqu'à sa démission le [1], soit seulement 2 semaines après que Parizeau eut annoncé qu'il briguerait la chefferie [2].
En 1993, il se présente pour le Bloc québécois à la Chambre des communes du Canada. Il est élu dans la circonscription de Roberval. Jusqu'à ce que le chef du parti, Lucien Bouchard, démissionne en 1996, il exerce la fonction de leader parlementaire de l'Opposition officielle. Il est élu par ses pairs comme chef du parti, le , mais ne reste en poste que jusqu'au .
À la suite de la nomination de son successeur (Gilles Duceppe), il redevient leader parlementaire du Bloc québécois jusqu'à son retrait de la vie politique en 2007.
Démission et travail dans les médias
Le , Michel Gauthier annonce aux médias son retrait de la vie politique en évoquant des problèmes de santé[3].
Le , le Bloc québécois annonce que Michel Gauthier cédera sa tâche de leader parlementaire à M. Pierre Paquette, député dans le comté de Joliette.
Le , Michel Gauthier anime sa première émission sur les ondes de TQS. Michel Gauthier collabore également au Grand journal animé par Jean-Luc Mongrain.
Au Parti conservateur du Canada
Le , Michel Gauthier annonce qu'il joint le Parti conservateur du Canada. Il consacrera ses efforts à l'élection de députés québécois au sein de la formation politique fédérale : « J'ai décidé, pour la deuxième partie de mon engagement politique, que je mettrais autant d'énergie que je le pourrais pour faire en sorte que la participation du Québec à un gouvernement conservateur soit significative et qu'elle soit positive ». Quant au parti dont il a été le chef, il affirme : « Le Bloc, son avenir est derrière lui »[1].