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Alors médecin généraliste, Michael Farrugia entre en politique en se présentant à des élections locales en 1987[1].
Lors du premier remaniement du gouvernement Muscat I, il est nommé ministre de la Famille et de la Solidarité sociale[2]. Il occupe ce poste jusqu’à la fin du gouvernement, puis rejoint le gouvernement Muscat II en en tant que ministre de l’Intérieur et de la Sécurité nationale[3].